计算化学公社

标题: 如何获得G3/99 set所有分子的SMILES等信息 [打印本页]

作者
Author: iuhgnor 时间: 2021-8-21 13:08
标题: 如何获得G3/99 set所有分子的SMILES等信息
请问大家，如何获得G3/99 set中所有分子的SMILES、CAS号、mol文件等信息？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-21 13:53
把G3测试集原文里的分子式放pubchem、chemspider上一搜就有

作者
Author: iuhgnor 时间: 2021-8-21 15:45

sobereva 发表于 2021-8-21 13:53
把G3测试集原文里的分子式放pubchem、chemspider上一搜就有

谢谢回复。请问有一次性获取所有分子SMILES的方法吗？是不是只能自己爬取？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-21 22:55
自己爬/找别人爬好的，反正总要有人爬，或者找作者要

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-22 01:45

iuhgnor 发表于 2021-8-21 15:45
谢谢回复。请问有一次性获取所有分子SMILES的方法吗？是不是只能自己爬取？

总共也没多少分子，在你犹豫的时候手动操作都弄完了，也就一个小时的事
你也可以google试图找别人搞好的文件包下载，然后写脚本调用openbabel之类的批量处理，但如果你不熟悉脚本编写和openbabel，这个过程花的时间比你手动一个个操作可能更多

作者
Author: iuhgnor 时间: 2021-8-23 08:43

喵星大佬发表于 2021-8-21 22:55
自己爬/找别人爬好的，反正总要有人爬，或者找作者要

谢谢回复

作者
Author: iuhgnor 时间: 2021-8-23 08:46

sobereva 发表于 2021-8-22 01:45
总共也没多少分子，在你犹豫的时候手动操作都弄完了，也就一个小时的事
你也可以google试图找别人搞好的 ...

我之前没Google到，我再试试

作者
Author: ccjjww25 时间: 2021-8-24 08:14
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