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标题: 单个孤立离子写itp、top文件时，是否需要写上bond、angle项 [打印本页]

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Author: a9471163 时间: 2021-8-23 19:42
标题: 单个孤立离子写itp、top文件时，是否需要写上bond、angle项
本帖最后由 a9471163 于 2021-8-23 19:45 编辑

各位老师，我使用gromacs在OPLS-AA力场下模拟有机物跟铅离子的相互作用，想使用UFF力场里铅离子的参数，查询UFF原文（J. Am. Chem. SOC. 1992, 114, 10024-10039）后找到了参数，如下图我框住的部分所示，想请教一下：
1、我模拟时准备放入孤立的铅离子（没有跟谁成键），个数为100个，此时UFF原文中的bond:1.459和angle：109.47这两个参数是不是可以不管它，不用写了？
2、请问离子的配位特性，是由哪个力场参数决定的呢？如果体系中本来有物质能够跟铅离子配位，当我不写铅的bond和angle项时，这个配位键还能正常模拟出来吗？
3、铅离子的charge应该还是写2，对吗？原文（下图最后一列）给出铅的effective charge=2.846，这个值应该用不到吧？
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作者
Author: k64_cc 时间: 2021-8-23 20:24
1. 不写。
2. 这种力场模拟不了孤立离子的配位键。
3. 用2

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-8-23 21:39
力场混用的问题比较严重

作者
Author: a9471163 时间: 2021-8-24 12:43
本帖最后由 a9471163 于 2021-8-24 13:24 编辑

k64_cc 发表于 2021-8-23 20:24
1. 不写。
2. 这种力场模拟不了孤立离子的配位键。
3. 用2

非常感谢，还有个疑惑，文献Dynamics of Humic Acid and Its Interaction with Uranyl in the Presence of Hydrophobic Surface Implicated by Molecular Dynamics Simulations用gromos力场可以模拟出铀酰跟水的配位，请问为什么说这种力场模拟不了孤立离子的配位键呢，gromos力场跟我用的力场，都是经典动力学的力场

我个人理解是，配位键的形成和断裂用经典动力学模拟不出，但是此时仍然可以计算铅离子与有机物的径向分布函数，随后计算配位数，来描述铅的配位特性，理解的对吗老师
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

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Author: a9471163 时间: 2021-8-24 12:55

Kangtor 发表于 2021-8-23 21:39
力场混用的问题比较严重

OPLS-AA没有铅的参数，是只能混用力场了吧，您有好办法吗，求教

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-8-24 16:07

a9471163 发表于 2021-8-24 12:43
非常感谢，还有个疑惑，文献Dynamics of Humic Acid and Its Interaction with Uranyl in the Presence o ...

离子和水的相互作用不强，你甚至能在纳秒尺度看到结合水与溶剂水之间的交换。如果你的有机物和离子之间相互作用也这么弱，那用经典力场也行。

如果你有机物和离子之间的配位作用强到成了化学键（which is 一般情况下说的配位键），那肯定整不了，建议把离子和配体当成一整个分子来搞。

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-8-24 17:36

a9471163 发表于 2021-8-24 12:55
OPLS-AA没有铅的参数，是只能混用力场了吧，您有好办法吗，求教

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Author: a9471163 时间: 2021-8-25 13:08

k64_cc 发表于 2021-8-24 16:07
离子和水的相互作用不强，你甚至能在纳秒尺度看到结合水与溶剂水之间的交换。如果你的有机物和离子之间相 ...

明白了，非常感谢，那我现在不知道有机物跟目标离子配位作用是不是很强，文献也没查到这方面资料，为了保险是不是先用从头算动力学看看能不能形成配位键呢

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-8-25 14:04

a9471163 发表于 2021-8-25 13:08
明白了，非常感谢，那我现在不知道有机物跟目标离子配位作用是不是很强，文献也没查到这方面资料，为了保 ...

要不简化一下，弄个等效的小体系算一下binding energy？

作者
Author: a9471163 时间: 2021-8-25 19:53

k64_cc 发表于 2021-8-25 14:04
要不简化一下，弄个等效的小体系算一下binding energy？

您意思是计算伞形采样，看下结合自由能是吧，然后看看自由能的绝对值如果很大（跟静电能+范德华能相比，大不少），那就是配位作用比较强，形成比较稳定的配合物了

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-8-25 21:18

a9471163 发表于 2021-8-25 19:53
您意思是计算伞形采样，看下结合自由能是吧，然后看看自由能的绝对值如果很大（跟静电能+范德华能相比， ...

我是说整个小的体系算下QM结合能，判断一下够不够成化学键啥的……

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Author: a9471163 时间: 2021-8-27 10:37

k64_cc 发表于 2021-8-25 21:18
我是说整个小的体系算下QM结合能，判断一下够不够成化学键啥的……

好的，谢谢，那我用量化程序跑下

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