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标题: GROMACS做真空中复合物小分子优化需要加离子中和体系电荷吗？ [打印本页]

作者
Author: VincenzoChen 时间: 2021-8-24 11:43
标题: GROMACS做真空中复合物小分子优化需要加离子中和体系电荷吗？
各位老师，我用gromacs2019想在真空中保持蛋白结构对小分子做minimization，以下是我的mdp文件参数; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS
title       = Minimization ; Title of run
define       = -DPOSRES

; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator       = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol       = 100.0    ; Stop minimization when the maximum force < 1.0 kJ/mol
emstep       = 0.01    ; Energy step size
nsteps       = 50000       ; Maximum number of (minimization) steps to perform

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist       = 1          ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid       ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
rlist       = 1.2       ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
coulombtype       = PME       ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb       = 1.2       ; long range electrostatic cut-off
vdwtype       = cutoff
vdw-modifier = force-switch
rvdw-switch    = 1.0
rvdw       = 1.2       ; long range Van der Waals cut-off
pbc          = xyz       ; Periodic Boundary Conditions
DispCorr       = no

运行gmx grompp -f em.mdp -r newbox.gro -c newbox.gro -p topol.top -o em.tpr这个命令时有个warning：  You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can
  lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low
  dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to
  neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a
  physiological salt concentration.
所以想问一下在真空中做minimization的时候不中和体系电荷会有很大的影响吗，如果有需要怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-24 12:01
你先搞清楚净电荷是哪来的
常规方式用pdb2gmx产生的蛋白质的拓扑文件对应的是中性水环境下的质子化态，和真空中完全不同，根本没法用。真空中所有残基都是不带净电荷的。

作者
Author: VincenzoChen 时间: 2021-8-24 12:58

sobereva 发表于 2021-8-24 12:01
你先搞清楚净电荷是哪来的
常规方式用pdb2gmx产生的蛋白质的拓扑文件对应的是中性水环境下的质子化态，和 ...

老师您的意思是真空中所有带电荷的氨基酸都应该质子化或去质子化吗。教程中好像就是直接用pdb2gmx产生拓扑之后加盒子，然后不加水直接做minimization了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-24 14:57

VincenzoChen 发表于 2021-8-24 12:58
老师您的意思是真空中所有带电荷的氨基酸都应该质子化或去质子化吗。...

水当中质子化或者去质子化的，在真空中显然不会有这个情况

作者
Author: 韩式蛋炒范 时间: 2022-2-23 18:14
您好，请问可以分享一下用gromacs进行真空中蛋白质结构计算的教程吗？我在网上没有搜到相关的教程，十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-25 22:21

韩式蛋炒范发表于 2022-2-23 18:14
您好，请问可以分享一下用gromacs进行真空中蛋白质结构计算的教程吗？我在网上没有搜到相关的教程，十分感 ...

不需要什么教程

pdb2gmx的时候让残基都处于中性就完了。但绝大多数蛋白质力场都不是专门适合真空下的

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