计算化学公社

标题: 请问计算膜蛋白的静电势，用哪些软件或方法可以指定膜环境 [打印本页]

作者
Author: 金水河的春天 时间: 2021-8-24 13:11
标题: 请问计算膜蛋白的静电势，用哪些软件或方法可以指定膜环境
1.中间有pore的话，还需要指定吗，还是会自动填充溶剂。
2.中间的cylinder有必要指定吗，软件会自动探测到空腔，填充溶剂？
3.做出来的dx文件，问每一列是什么意思，怎么计算得到pore区的静电势，单位还要是kcal/mol？
谢谢各位老师指点

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-25 10:39
提问时候把前提说清楚，诸如莫名其妙来一句“做出来的dx文件”，主语都没有，用的什么程序别人都不知道，怎么回复。“...，软件会自动探测到空腔，填充溶剂？”你还让别人猜你用什么软件？

作者
Author: 金水河的春天 时间: 2021-8-25 11:02

sobereva 发表于 2021-8-25 10:39
提问时候把前提说清楚，诸如莫名其妙来一句“做出来的dx文件”，主语都没有，用的什么程序别人都不知道，怎 ...

不好意思啊卢老师，我用的是APBS的pymol版，也用过APBS网页版，还用过charmm-gui网页版，计算静电势的时候最终都会生成一个.dx文件，我的蛋白是一个离子通道里面有pore，就是想问这些软件是否能自动识别蛋白跨膜表面和蛋白的通道区域，因为这些区域设置的dielectric数值不同。感谢您的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-25 11:36
我不用charmm-gui。.dx是一种格点数据文件格式，可以载入Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn。不过我只测试过和VMD的volmap插件产生的.dx的兼容性），然后用主功能13的选项0转换成常用得多得多的cub格式，cub格式在下文有详细说明
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125

“pore区的静电势”这种描述不准确。pore区域是一大块区域，里面每个位置的静电势都不一样，不知道你想获得什么形式的数据。

作者
Author: 哈哈加油 时间: 2022-2-20 21:19
请问，问题你解决了吗？我的问题和你一样可以a 交流一下吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)