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标题: gmx solvate可以将水分子填充到盒子指定区域吗 [打印本页]

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-24 18:09
标题: gmx solvate可以将水分子填充到盒子指定区域吗
Sob老师，各位老师好，我首先用packmol创建了一个立方体盒子，盒子的中心位置再空出一个小立方体空间，其余位置填充了其他分子，想使用spc水模型在小立方体空间内进行填充 gmx solvate 命令中 -box只能设置填充的大小想请问
1.是否有指令可以将水填充到指定的盒子区域内，具体怎么操作呢？

2.如果不可以的话是否可以分别单独创建水盒子与溶剂盒子再将两个盒子组装在一起呢？
谢谢各位老师的教导！

作者
Author: 牧生 时间: 2021-8-25 07:03
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

这个帖子一定可以帮你。

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-25 09:04

牧生发表于 2021-8-25 07:03
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

这个帖子一定可以帮你。

这个贴子和昨晚问您的那个贴子意思其实表达的一样就是如何使用spc水模型如何在top文件中进行更改

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-25 10:46
直接用packmol设置填充方式就完了
gmx solvate 没法指定填充区域，所有空白区域都会被填充。如果你希望靠gmx solvate来填充得比packmol更致密，先用packmol把其它分子填充到恰当区域，再用gmx solvate填充水到空白区域

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-25 15:50

sobereva 发表于 2021-8-25 10:46
直接用packmol设置填充方式就完了
gmx solvate 没法指定填充区域，所有空白区域都会被填充。如果你希望靠g ...

谢谢sob老师

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