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标题: 已知反应物和产物，寻找过渡态，怎么找不到呢？ [打印本页]

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Author: wy标点人生 时间: 2021-8-24 20:43
标题: 已知反应物和产物，寻找过渡态，怎么找不到呢？
本帖最后由 wy标点人生于 2021-8-24 21:01 编辑

老师，我现在有反应物和产物（见下图），需要寻找过渡态，应该可以尝试用QST2方法吧，但是找不到，这个怎么办呢？
我也看过卢老师的博文，提到Gaussian里的QST2本身就存在一些bug，所以最好就是别用QST2，能用opt=TS解决的一律用opt=TS解决。
C:\Users\wangyue\Desktop

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-24 20:54
这种反应未必是基元反应，搞不好是分很多步，环的每个部分逐一翻转的。
可以想办法把这个分子弄成近似平面状，然后做opt=TS，如果虚频多于一个就消虚频，找到只有一个虚频的结构后走IRC，如果IRC端点不是反应物或产物，再往两边找其他的基元反应

作者
Author: wy标点人生 时间: 2021-8-24 21:02

wzkchem5 发表于 2021-8-24 20:54
这种反应未必是基元反应，搞不好是分很多步，环的每个部分逐一翻转的。
可以想办法把这个分子弄成近似平面 ...

好的，谢谢老师，我去试试

作者
Author: wy标点人生 时间: 2021-8-24 21:24
本帖最后由 wy标点人生于 2021-8-26 21:25 编辑

wzkchem5 发表于 2021-8-24 20:54
这种反应未必是基元反应，搞不好是分很多步，环的每个部分逐一翻转的。
可以想办法把这个分子弄成近似平面 ...

老师就类似于这篇文献里面的过渡态
C:\Users\wangyue\Desktop

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-8-24 21:42
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-8-24 21:45 编辑

wy标点人生发表于 2021-8-24 21:24
老师就类似于这篇文献里面的过渡态

你画的结构有个N-CH3基团，可能是你展示的角度不对，看上去是翻不过去的（这里指想象它平滑翻过去）。是结构搞错了、还是结构没错但展示的角度不对？脑子里可以判断其是否能平滑转变过去，如果一看就看出画错了（即不可能平滑转过去），那做计算必然是算不出来的，此时也不用去算。

文献里环上没有N-CH3基团，它这整个环翻过去可以理解。

另外，假设你结构是对的，你用过QST2了么？算了几步？有报错？报错什么呢？

作者
Author: wy标点人生 时间: 2021-8-24 22:08

zjxitcc 发表于 2021-8-24 21:42
你画的结构有个N-CH3基团，可能是你展示的角度不对，看上去是翻不过去的（这里指想象它平滑翻过去）。是 ...

老师，QST2算了230多步，没报错，只是过渡态不是这个反应的。

作者
Author: fatpig 时间: 2021-8-25 11:20
这种扭转、旋转类的TS通常虚频比较小，用常规方法不好找。建议直接找个小基组scan势能面。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-8-26 21:00

wy标点人生发表于 2021-8-24 21:24
老师就类似于这篇文献里面的过渡态

能把这篇文献发一下么

作者
Author: wy标点人生 时间: 2021-8-26 21:18

zjxitcc 发表于 2021-8-26 21:00
能把这篇文献发一下么

好的，老师！

作者
Author: wy标点人生 时间: 2021-8-26 21:22
本帖最后由 wy标点人生于 2021-8-26 21:30 编辑

zjxitcc 发表于 2021-8-26 21:00
能把这篇文献发一下么

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-26 21:27

wy标点人生发表于 2021-8-26 14:22
C:%users\wangyue\Desktop

没上传成功

作者
Author: wy标点人生 时间: 2021-8-26 21:27

fatpig 发表于 2021-8-25 11:20
这种扭转、旋转类的TS通常虚频比较小，用常规方法不好找。建议直接找个小基组scan势能面。

用的是小基组。我试一下扫描势能面，非常感谢！

作者
Author: wy标点人生 时间: 2021-8-26 21:28

wzkchem5 发表于 2021-8-26 21:27
没上传成功

好的，我重新上传！

作者
Author: wy标点人生 时间: 2021-8-26 21:33

wzkchem5 发表于 2021-8-26 21:27
没上传成功

已成功！

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