计算化学公社
标题: 添加RESP原子电荷后进行分子动力学模拟出错 [打印本页]
作者Author: xryao 时间: 2021-8-24 20:52
标题: 添加RESP原子电荷后进行分子动力学模拟出错
在进行蛋白质在水溶液中的分子动力学模拟过程中，模拟盒子包含蛋白质分子、DES（ChCl：HCOOH）、水；DES.gro和DES.itp文件经Acpype得到，原子电荷为零，直接用于分子动力学模拟（使用amber99sb-ildn.ff力场）可以完成整个模拟过程；通过multiwfn计算RESP电荷填充DES.itp中原子电荷值，DES总电荷为零，再将其用于进行分子动力学模拟在nvt平衡中报错，查了好久也解决不了这个问题，望各位老师同学指教，谢谢。
nvt平衡过程报错：
Fatal error:
Too many LINCS warnings (1000)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in
your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem
模拟过程如附件所示（因附件过大（超过9.8MB），所以分part压缩了）：
所用命令：
生成蛋白质拓扑文件（.itp、.gro、topol.top）：gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -water spce
添加DES：gmxinsert-molecules -f protein.gro -ci DES.gro -box 6.0 6.0 6.0 -o newbox.gro-nmol 11
添加溶剂（水）：gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -osolv.gro -p topol.top
添加离子：gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -ptopol.top -o ions.tpr
gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL-neutral
能量最小化：gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -ptopol.top -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em
收敛项分析：gmx energy -fem.edr -o potential.xvg
平衡：
NVT系综：gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
gmx mdrun -deffnm nvt
初学GROMACS真的好多地方不懂，望大家指点，感谢。
作者Author: 418086011 时间: 2021-8-25 10:10
遇到过类似问题，后来我改成ADCH电荷就好了
作者Author: xryao 时间: 2021-8-25 14:05
谢谢回复，也是用multiwfn计算的嘛
作者Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-26 10:34
我也遇到过类似的问题 mdrun之后开始输出step.pdb文件 这种LINCS warning报错的原因有很多 我的是初始结构设置不合理 你可以对照原因自己找下
作者Author: 418086011 时间: 2021-8-26 11:07
是的。你可以先把所有的电荷先设置为0跑跑看，如果没有报错就很有可能是电荷的问题了
作者Author: xryao 时间: 2021-8-27 08:52
好的，谢谢你
作者Author: xryao 时间: 2021-8-27 08:53
电荷为0时可以跑成功，我改成ADCH电荷也能跑成功，但是RESP电荷是否更合理些？
作者Author: sobereva 时间: 2021-8-27 09:11
对于动力学目的，用RESP2(0.5)原理上最佳
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
作者Author: xryao 时间: 2021-8-27 09:45
你好，再问一下，你的初始结构不合理指的是盒子构建不合理嘛？
作者Author: xryao 时间: 2021-8-27 09:46
好的，谢谢老师，我去看看重新计算试试。
作者Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-27 11:50
我使用的GROMOS96 54a7力场 总共4种分子 其中一种分子采用了全原子模型 其余三种原子采用联合原子 因此在构件盒子的时候都跑了很长时间（大概8,9个小时？的样子吧），系统LINCS报错也是在使用全原子模型的分子上进行报错 我记得是说.top文件和构件的.pdb盒子信息不匹配 一直没办法解决这个报错 即便maxwarn后能量最小化和nvt时盒子构型保持的还可以 但 npt时盒子直接扭曲了 跑个1000步左右直接停了
作者Author: xryao 时间: 2021-8-27 14:59
本帖最后由 xryao 于 2023-3-5 22:21 编辑
作者Author: UPC-Ning 时间: 2021-8-27 15:52
其实正常的packmol构建盒子时间尺度没这么长时间 即便分子很多 10分钟（几万个分子以内）就构建好了，构建时间过长我感觉可能是提供的pdb文件本身有问题 我也是刚学没多久 很多不懂得地方
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