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标题: 求助：关于蛋白配体MD的设置问题 [打印本页]

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Author: 溪临昭煌 时间: 2021-8-24 22:33
标题: 求助：关于蛋白配体MD的设置问题
本帖最后由溪临昭煌于 2021-8-25 10:18 编辑

各位老师好，我用autodock vina进行了酶和底物的对接，想用gromacs对酶——底物体系进行MD模拟以便进行MMPBSA运算，但是根据看的文献里，这种MD模拟有多种方式：1.固定酶的NPT模拟
2.固定底物的NPT模拟
3.不作任何限制的NPT模拟
请问各位老师：
1.如果我想计算mmpbsa应该用那种方法？

2.如果我想修正对接结果，使得对接更符合现实中的共晶构象，应该用哪种方法？
ps.我使用方法3的时候发现底物和酶的结合方法比初始状态更加不符合预期

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Author: sobereva 时间: 2021-8-25 10:26
都不需要固定。我不知道你说的预期是怎么来的

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Author: 溪临昭煌 时间: 2021-8-25 11:39

sobereva 发表于 2021-8-25 10:26
都不需要固定。我不知道你说的预期是怎么来的

谢谢sob老师回复。我的预期是“这类酶的底物的某个部分在解晶体结构后必定在同一位置”，但是MD时发现这一部分会越来越远离这部分。

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Author: sobereva 时间: 2021-8-25 11:42
要么模拟有问题（力场、原子电荷、模拟参数...），要么预期的本来就是错的

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Author: 溪临昭煌 时间: 2021-8-25 21:18

sobereva 发表于 2021-8-25 11:42
要么模拟有问题（力场、原子电荷、模拟参数...），要么预期的本来就是错的

谢谢sob老师，我检查一下参数去

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Author: Tonycjlu 时间: 2021-8-31 15:29

溪临昭煌发表于 2021-8-25 11:39
谢谢sob老师回复。我的预期是“这类酶的底物的某个部分在解晶体结构后必定在同一位置”，但是MD时发现这 ...

可以延长MD时间，或者多跑几个看看

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Author: 溪临昭煌 时间: 2021-8-31 22:20

Tonycjlu 发表于 2021-8-31 15:29
可以延长MD时间，或者多跑几个看看

谢谢老师，但是我的状态是随着时间延长，越来越远离，延长时间有可能靠近原来的构象吗？

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