计算化学公社

标题: cp2k跑从头算如何控制体系的不断膨胀 [打印本页]

作者
Author: nusiew 时间: 2021-8-25 15:20
标题: cp2k跑从头算如何控制体系的不断膨胀
本帖最后由 nusiew 于 2021-9-28 14:19 编辑

大家下午好，
目前基于cp2k跑硅酸盐熔体结构的从头算，在跑的过程中体系不断发生膨胀，原子间的距离变得很大，结构明显不合理，如下所示，请大家帮忙看一看哪里存在问题。先谢谢大家了！

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作者
Author: RAL 时间: 2021-8-25 17:42
用VMD把原子都平移到一个盒子里去，就会发现其实结构没有乱

作者
Author: nusiew 时间: 2021-8-26 08:52

RAL 发表于 2021-8-25 17:42
用VMD把原子都平移到一个盒子里去，就会发现其实结构没有乱

谢谢解答，请问这个盒子中的原子膨胀是什么原因呢？控制文件写的有没有问题？

作者
Author: RAL 时间: 2021-8-27 19:53

nusiew 发表于 2021-8-26 08:52
谢谢解答，请问这个盒子中的原子膨胀是什么原因呢？控制文件写的有没有问题？

NVT的模拟中，盒子是不会变化的

作者
Author: nusiew 时间: 2021-8-28 14:31
本帖最后由 nusiew 于 2021-8-28 14:39 编辑

RAL 发表于 2021-8-27 19:53
NVT的模拟中，盒子是不会变化的

谢谢回复！如图，那为什么随着模拟时间的增加，原子间的距离好像都在变大，体系好像变得蓬松了呢？这种情况是正常的吗？还有就是采取了周期性的边界条件，为什么原子还会跑到盒子之外呢？

作者
Author: RAL 时间: 2021-8-28 16:02

nusiew 发表于 2021-8-28 14:31
谢谢回复！如图，那为什么随着模拟时间的增加，原子间的距离好像都在变大，体系好像变得蓬松了呢？这种情 ...

使用周期性边界条件以后，盒子里的一部分跑到盒子外面，就意味着盒子外面相应的一部分也跑到了盒子里面，所以才要把盒子外面的结构都按照周期性平移到盒子里面，才能更清楚地看到盒子里到底是什么样子的

作者
Author: nusiew 时间: 2021-8-31 08:40

RAL 发表于 2021-8-28 16:02
使用周期性边界条件以后，盒子里的一部分跑到盒子外面，就意味着盒子外面相应的一部分也跑到了盒子里面， ...

谢谢回复，请问有没有VMD平移原子的教程

作者
Author: nusiew 时间: 2021-9-7 20:35
本帖最后由 nusiew 于 2021-9-7 20:39 编辑

感谢大家的回复。Hutter针对我的上述问题和inp文件提出了以下建议。得到的结构相比于之前有了很大的提升，但是仍然存在着一些问题。我在这个帖子中进行了描述（链接为：http://bbs.keinsci.com/thread-25060-1-1.html）。Hutter提的最后一条建议，This is important to assure no degradation in XC energy integration. 没有太理解，请问大家有没有用过类似的方法。

作者
Author: 函数与激情 时间: 2021-9-28 13:14

nusiew 发表于 2021-8-31 08:40
谢谢回复，请问有没有VMD平移原子的教程

pbc set {X Y Z} -all;pbc box;pbc wrap -all
X Y Z 三个数值是你的盒子的大小，
你的问题似乎是cp2k软件本身造成的问题，cp2k对周期性的体系边界不像一般的诸如AMBER，GROMACS分子动力学程序做处理，后者的话从视觉效果上来看一直是在盒子里的，而cp2k看起来会整个体系爆炸了，其实跑MD过程中还是在盒子里面的，需要自己处理下

作者
Author: nusiew 时间: 2021-9-28 14:10

函数与激情发表于 2021-9-28 13:14
pbc set {X Y Z} -all;pbc box;pbc wrap -all
X Y Z 三个数值是你的盒子的大小，
你的问题似乎是cp2k软 ...

感谢回复，确实是这样的。我也是看到许楠博士的一篇关于如何将XDATCAR文件转换成原子真实轨迹文件时才意识到cp2k记录的是没有经过周期化处理的原子的真实连续的轨迹，并不是像lammps或者vasp那样输出经过周期化处理的轨迹坐标。

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