计算化学公社

标题: 求助：如何在MD中根据质心距提取出规定距离内的dimer [打印本页]

作者
Author: HJC 时间: 2021-8-26 09:29
标题: 求助：如何在MD中根据质心距提取出规定距离内的dimer
如题所示，想根据质心距提取出规定范围内的dimer或三聚体
目前只能规定 set crit x，且不能一一对应给出dimer
当<=或者>=的时候，会将全部resid输出出来，无法进行挑选不知如何修改，脚本如附件，感谢各位老师悉心指点！！

作者
Author: ChunLinX 时间: 2021-8-26 20:39
可以先找到距离guest在cirt以内的分子的序号，然后依次：
set dimer [atomselect top "residue $i $j"]
$dimer writexyz dimer_$i,$j.xyz
这里i为中心分子，j为满足条件的分子。
另外，这个脚本没有考虑周期性边界，即j在下一个盒子的情况。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)