计算化学公社

标题: 计算表面吸附的时候VASP不更新计算内容，卡住不动了 [打印本页]

作者
Author: 愚不可及 时间: 2021-8-26 11:40
标题: 计算表面吸附的时候VASP不更新计算内容，卡住不动了
如图，在进行表面优化的时候算到91步的时候卡住不算了，然后在kill任务并将CONTCAR改成POSCAR，INCAR中的ISTART改为1（原本为0）之后再计算就正常。求助原因。
下面是我的INCAR信息：
ISTART = 1; ICHARG = 2

general:
SYSTEM = CO
ENCUT = 450
ISMEAR = 2; SIGMA = 0.2
EDIFF = 1E-5
IVDW=11
PREC=Normal

dynamic:
NSW = 1500
POTIM = 0.2
IBRION = 2
EDIFFG = -0.05
ISIF = 2

special:
LREAL = A
NSIM = 4
NCORE = 4
LCHARG =.FALSE.
LWAVE = .FALSE.
ALGO = Fast

作者
Author: 愚不可及 时间: 2021-8-26 16:17
(, 下载次数 Times of downloads: 27) (, 下载次数 Times of downloads: 28) 又出现了这种情况，这是top命令界面和卡住的界面，求指教

作者
Author: abin 时间: 2021-8-26 16:31
send all your input files to hpc4you@163.com

Write clearly in the mail,
how to run the calculation?
how many cpu cores?
the elapsed wall time till you encountered the bug.
app version.
and the output of ldd vasp_std

作者
Author: 愚不可及 时间: 2021-8-26 16:33

abin 发表于 2021-8-26 16:31
send all your input files to

Write clearly in the mail,

ok, thanks!!!

作者
Author: DDT好好吃 时间: 2022-8-29 20:08

愚不可及发表于 2021-8-26 16:33
ok, thanks!!!

你好！请问这个问题解决了吗？可以分享一下吗？我也遇到VASP运行一段时间后，OUTCAR无输出的情况了。。谢谢

作者
Author: 愚不可及 时间: 2022-10-7 16:18

DDT好好吃发表于 2022-8-29 20:08
你好！请问这个问题解决了吗？可以分享一下吗？我也遇到VASP运行一段时间后，OUTCAR无输出的情况了。。谢 ...

没解决，发邮件之后就没后续了，但是后来再也没遇见过这个情况了，估计是我那个任务的问题

作者
Author: 针灸大师容嬷嬷 时间: 2022-10-7 17:36
有没有可能是提交脚本的问题？？

作者
Author: 愚不可及 时间: 2022-12-30 18:23

针灸大师容嬷嬷发表于 2022-10-7 17:36
有没有可能是提交脚本的问题？？

不太可能，其他的体系的模型就不会出现这个问题。
而且没有使用脚本，用的本地服务器和mpirun命令行直接提交的任务

作者
Author: 乘风万里 时间: 2023-1-1 17:43
跟某服务器厂商的工程师交流过（该工程师是计算物理博士），他给出的意见是服务器的存储系统有问题（技术细节不透露了，容易定位厂商）。所以遇到VASP写文件卡死，我一般直接删文件夹、新建目录重算，但这么多年遇到卡死的情况不超过10次。

作者
Author: 愚不可及 时间: 2023-2-22 13:56

乘风万里发表于 2023-1-1 17:43
跟某服务器厂商的工程师交流过（该工程师是计算物理博士），他给出的意见是服务器的存储系统有问题（技术细 ...

原来是这样！学到了！
感谢大佬！

作者
Author: 熊啊熊 时间: 2024-9-5 21:34

乘风万里发表于 2023-1-1 17:43
跟某服务器厂商的工程师交流过（该工程师是计算物理博士），他给出的意见是服务器的存储系统有问题（技术细 ...

我也遇到这个问题了，试了好几次删除文件夹重新算，还是没有解决，每次跑一段时间后就卡死。

作者
Author: 熊啊熊 时间: 2024-9-6 13:39

熊啊熊发表于 2024-9-5 21:34
我也遇到这个问题了，试了好几次删除文件夹重新算，还是没有解决，每次跑一段时间后就卡死。

我直接上了另一块硬盘，把文件复制过去计算还是不行，跑个100个离子步左右就会卡在某个SCF迭代中的一个电子步上。

作者
Author: 乘风万里 时间: 2024-10-4 22:01

熊啊熊发表于 2024-9-6 13:39
我直接上了另一块硬盘，把文件复制过去计算还是不行，跑个100个离子步左右就会卡在某个SCF迭代中的一个电 ...

问题解决了么？
1. 新建路径也不行么？我删文件夹的意思是换一层路径。
2. 你这个卡死是能复现的么？换NCORE参数也能复现么？

作者
Author: 熊啊熊 时间: 2024-11-5 22:23

乘风万里发表于 2024-10-4 22:01
问题解决了么？
1. 新建路径也不行么？我删文件夹的意思是换一层路径。
2. 你这个卡死是能复现的么？换 ...

我重新安装了Intel编译器解决了，不知道是不是谁不小心动了服务器上的Intel编译器。

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