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标题: 优化二聚体初始构型应该如何确定？ [打印本页]

作者
Author: zhangj 时间: 2016-1-4 16:33
标题: 优化二聚体初始构型应该如何确定？
想请教一下想要优化一个有机分子的二聚体，那初始构型应该如果确定呢，就是这个二聚体中两个分子间的距离，（因为没有晶体结构），谢谢大家

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-1-4 16:42
不如用构型构象搜索的软件搜索一下，然后再用量化软件精确优化一下

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-1-4 17:59
我一直也关注这个问题，我之前有帖子问过类似的问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-4 23:46
实际上需要确定的有三个因素
1 单体的构象
2 单体的相对距离
3 单体的相对朝向

这种问题用molclus很方便，见
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369）

初始的相对距离并不太重要，优化时由于相互作用会自发紧密拉到一起。

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