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标题: 求助：关于orca的AIMD的一些问题 [打印本页]

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Author: 溪临昭煌 时间: 2021-8-27 15:26
标题: 求助：关于orca的AIMD的一些问题
各位老师好，我最近在尝试ORCA的AIMD功能，之前看来社长的AIMD例子（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）和簇模型的讲解（http://sobereva.com/597），产生了一些问题：
1.ORCA可以做到冻结指定的原子吗？如果可以应该怎么设置呢
2.ORCA的AIMD功能是否可以计算酶的活性口袋如何把反应物转化为产物？

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Author: wzkchem5 时间: 2021-8-27 16:27
1. 可以，参见orca手册detailed documentation -> ab initio molecular dynamics simulations -> command list里的constraint关键字
2. 可以，但直接跑AIMD只能模拟ps级的过程，而酶反应需要的时间一般在ps级以上，此时需要用metadynamics

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Author: 溪临昭煌 时间: 2021-8-27 16:31

wzkchem5 发表于 2021-8-27 16:27
1. 可以，参见orca手册detailed documentation -> ab initio molecular dynamics simulations -> command l ...

谢谢老师回复！请问老师，metadynamics是ORCA的另外一个功能还是另外一类软件的功能呢

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Author: wzkchem5 时间: 2021-8-27 16:33

溪临昭煌发表于 2021-8-27 09:31
谢谢老师回复！请问老师，metadynamics是ORCA的另外一个功能还是另外一类软件的功能呢

也是orca的AIMD模块支持的，不过只有比较新的版本才有，可能5.0及以后才有

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Author: 溪临昭煌 时间: 2021-8-27 16:33

wzkchem5 发表于 2021-8-27 16:33
也是orca的AIMD模块支持的，不过只有比较新的版本才有，可能5.0及以后才有

明白了，谢谢老师！

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