计算化学公社

标题: 求助：top文件构建问题 [打印本页]

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Author: Aristotler 时间: 2021-8-27 17:13
标题: 求助：top文件构建问题
各位老师同学大家好，最近我在做锌金属-电解液界面的分子动力学模拟，但遇到构建拓扑文件的问题：如何添加金属锌的拓扑文件（见下图）。请老师和同学帮我指导一下。

作者
Author: Aristotler 时间: 2021-8-27 20:33
我参照 sober老师gromacs里关于LJ 12-6对势修改Au的参数，但我是金属锌，在哪里找12-6 LJ 参数呢？另外，即使找到这个参数能够设置c6和c12, 只需要将Zn的参数加入到力场的ffnonbonded.itp 和atomtypes.atp 就行吗？感谢各位

作者
Author: Aristotler 时间: 2021-8-27 20:45

Aristotler 发表于 2021-8-27 20:33
我参照 sober老师gromacs里关于LJ 12-6对势修改Au的参数，但我是金属锌，在哪里找12-6 LJ 参数呢？另外， ...

如果没有LJ 12-6对势，gromacs 还能模拟Zn金属表面溶液的结构吗？如何构建金属Zn的itp文件呢，感谢大家，希望各位老师同学指导一下我。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-28 14:57

Aristotler 发表于 2021-8-27 20:33
我参照 sober老师gromacs里关于LJ 12-6对势修改Au的参数，但我是金属锌，在哪里找12-6 LJ 参数呢？另外， ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-28 14:59
你得把ZN0的定义加到[atomtypes]里
用google搜搜，能搜到LJ参数就用，搜不到就没辙了。肯定有不少经典力场模拟Zn的文章

作者
Author: Aristotler 时间: 2021-8-28 19:18

sobereva 发表于 2021-8-28 14:57
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的，谢谢卢老师指正，下不为例

作者
Author: Aristotler 时间: 2021-8-28 19:21

sobereva 发表于 2021-8-28 14:59
你得把ZN0的定义加到[atomtypes]里
用google搜搜，能搜到LJ参数就用，搜不到就没辙了。肯定有不少经典力场 ...

谢谢老师，我填进去可以了，谢谢老师，我能在这里问一个其他问题吗？如何计算分子中指定原子的电负性，我算的不同分子和水的氢键能量，但不知道分子结构对氢键的影响作用？如有冒犯，我再另写一个帖子，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-29 08:50

Aristotler 发表于 2021-8-28 19:21
谢谢老师，我填进去可以了，谢谢老师，我能在这里问一个其他问题吗？如何计算分子中指定原子的电负性，我 ...

看不懂你的问题，电负性和氢键能量、结构没有直接关系

作者
Author: Aristotler 时间: 2021-8-29 09:12
本帖最后由 Aristotler 于 2021-8-29 09:14 编辑

sobereva 发表于 2021-8-29 08:50
看不懂你的问题，电负性和氢键能量、结构没有直接关系

抱歉老师，我现在计算了一系列有机分子和水之间的氢键，但不知道这些有机分子与水的氢键大小不同的原因，想从有机分子结构出发探究其与水形成氢键能量差异的原因

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-29 11:24

Aristotler 发表于 2021-8-29 09:12
抱歉老师，我现在计算了一系列有机分子和水之间的氢键，但不知道这些有机分子与水的氢键大小不同的原因， ...

从静电势可以说明
用Multiwfn做体系表面静电势分析，氢的位置表面静电势极大点数值越大，是越好的氢键给体；受体原子表面静电势极值点越负，是越好的氢键受体

参考
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

利用氢键给体原子和氢键受体原子的原子电荷也可以说明
对应X-H...Y氢键，这和X、Y的电负性都有一定关系，但不绝对。比如氧的电负性大于氮，但氮作为氢键受体往往氢键更强。还有共振辅助等等其它情况影响氢键强度

作者
Author: Aristotler 时间: 2021-8-29 17:10

sobereva 发表于 2021-8-29 11:24
从静电势可以说明
用Multiwfn做体系表面静电势分析，氢的位置表面静电势极大点数值越大，是越好的氢键给 ...

好的，非常感谢卢老师的全面细致的指导。

作者
Author: zhaoxy008 时间: 2021-10-17 23:04

sobereva 发表于 2021-8-28 14:59
你得把ZN0的定义加到[atomtypes]里
用google搜搜，能搜到LJ参数就用，搜不到就没辙了。肯定有不少经典力场 ...

请教一下老师，做电解液搜到用lammps模拟文章里提到的6-12参数，是不是换算一下就可用到atomypes里？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-18 01:54

zhaoxy008 发表于 2021-10-17 23:04
请教一下老师，做电解液搜到用lammps模拟文章里提到的6-12参数，是不是换算一下就可用到atomypes里？

是

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