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标题: amber/gaussian或orca做QMMM计算酶催化怎么计算频率 [打印本页]

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Author: 沙漠猎人 时间: 2021-8-27 17:31
标题: amber/gaussian或orca做QMMM计算酶催化怎么计算频率
本帖最后由沙漠猎人于 2021-8-27 17:43 编辑

请问各位老师，本人打算用amber联用gaussian或orca做QM/MM研究酶催化反应的路径，涉及到反应物-过渡态-产物，有以下几个问题想要了解一下：

1、amber教程中的输入文件只说了指定QM区计算的基组和泛函等，如果要计算频率的话，是直接提取优化后结构中的QM区原子单独计算频率吗？那连接处怎么处理呢？

2、关于amber做QM/MM和QM/MM MD，不知道我理解的对不对：
做QM/MM的时候，输入文件的imin是设置为1吗（即做能量最小化）？此时的计算是MM区做能量最小化，QM区做结构优化吗？
如果要做QM/MM MD，输入文件的imin是设置为0吗（即做MD模拟）？此时MM区每跑一步，QM区都要优化一次结构？

3、如果做QM/MM MD模拟的话，对于我这个体系是可以直接获得从反应物到过渡态，最后到产物的完整轨迹吗？

4、如果QM区先用半经验的PM7优化，然后用DFT方法优化，这样会不会更快一些？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-28 15:04
3 要清楚过渡态只是静态方式研究反应才涉及的，实际做MD研究反应只能说轨迹会经过TS附近区域，不可能正好有一帧精确在TS位置上。想得到那种完整轨迹需要跑IRC或者做NEB

4 如果初始结构很不理想，而且PM7对当前体系也能恰当描述，先用PM7预优化再DFT会比直接DFT优化耗时少很多

作者
Author: jyxsdj 时间: 2024-11-13 17:53
前辈你好，请问问题1. 和2.解决了吗？我也准备学习这方面知识，对此也有疑惑，希望您能解惑，谢谢！我个人浅显的理解是：1. 选择的初始结构即开始计算频率，因此初始结构需要几何优化获得。2. QM/MM MD是每ncyc步输出结果，使结果返回给qm软件进行计算。

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