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标题: 关于gmx_mmpbsa和PBSA计算结合自由能中的溶剂能的问题 [打印本页]

作者
Author: 国小药 时间: 2021-8-28 11:24
标题: 关于gmx_mmpbsa和PBSA计算结合自由能中的溶剂能的问题
我在使用gmx_mmpbsa和PBSA计算结合自由能的时候，有时候会出现溶剂能为零的情况，这是正常的现象吗?如果不是，那可能的原因是什么呢轨迹文件是用GROMACS2019.4版本的跑出来的，动力学模拟过程中选择的水的类型是：spc216
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作者
Author: Ryanchen 时间: 2021-9-2 18:13
我也是出现了这个能量问题，你看看你计算的时候有没有出现APBS not avaliable.
pb sa是调用apbs来计算的。没有这个能量说明apbs可能没有调用成功

作者
Author: IamHK 时间: 2021-11-12 11:01

Ryanchen 发表于 2021-9-2 18:13
我也是出现了这个能量问题，你看看你计算的时候有没有出现APBS not avaliable.
pb ...

你好，我也遇到这个问题了，使用的APBS3.0,linux解压后，调用gmx_mmpbsa.bash脚本显示APBS not avaliable.请问该怎样解决。谢谢了。

作者
Author: 抠脚蔡鸡 时间: 2021-11-20 10:34

IamHK 发表于 2021-11-12 11:01
你好，我也遇到这个问题了，使用的APBS3.0,linux解压后，调用gmx_mmpbsa.bash脚本显示APBS not avaliabl ...

我也遇到这个问题，后来不用3.0版本，直接sudo apt install apbs,然后去脚本里设置一下路径就能用了

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