计算化学公社

标题: 求助冠醚萃取碱金属的两相萃取分离的模拟 [打印本页]

作者
Author: Rui 时间: 2021-8-29 17:12
标题: 求助冠醚萃取碱金属的两相萃取分离的模拟
老师，我通过GROMACS模拟的是冠醚萃取碱金属的两相萃取分离过程，使用opls-aa力场，电荷RESP及1.2*CM5电荷均进行尝试，但是发现模拟结束后锂离子始终不会与冠醚结合，冠醚附近0.3nm不存在锂离子，Gaussian模拟距离一般0.25nm以内，请问这种问题如何解决，是不是锂离子的溶剂化作用太强，因此，无法脱离水分子与冠醚络合。

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-29 22:10
你的萃取剂与锂离子是什么萃取机制，络合作用还是阳离子交换。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-30 11:47
分子类型名也太奇怪了，哪能用H、Br当做冠醚的分子类型名。gro里的残基名都乱七八糟

我不知道实验现象如何，你先跑一个已知肯定能萃取的离子。说不定Li+太小，本来就难以被萃取。

作者
Author: Rui 时间: 2021-8-31 20:54
萃取机制是络合作用

作者
Author: Rui 时间: 2021-8-31 20:58
本帖最后由 Rui 于 2021-8-31 21:06 编辑

萃取机制是冠醚中五个氧与锂离子的络合作用。

作者
Author: Rui 时间: 2021-8-31 21:00
本帖最后由 Rui 于 2021-8-31 21:02 编辑

sobereva 发表于 2021-8-30 11:47
分子类型名也太奇怪了，哪能用H、Br当做冠醚的分子类型名。gro里的残基名都乱七八糟

我不知道实验现象如 ...

老师，我跑钾离子可以与冠醚络合，但是锂不能与冠醚络合。老师我可以在跑锂离子时候人为缩小水的电荷吗？比如水电荷乘0.8左右，降低锂离子的溶剂化效应，目前看来应该是锂离子的水溶剂化作用太强。实验中锂的萃取率较低，其余碱金属离子较高。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-31 21:20

Rui 发表于 2021-8-31 21:00
老师，我跑钾离子可以与冠醚络合，但是锂不能与冠醚络合。老师我可以在跑锂离子时候人为缩小水的电荷吗？ ...

Li+的半径太小，因此和冠醚的结合不如K+强，这是正常的事。valinomycin结合碱金属离子也有这种现象

你刻意修改原本合理的参数，强行模拟出来Li的萃取现象，这无异于造假，就算跑出来也没意义，只会误导读者。

萃取率较低，也正体现在有限时间的模拟下萃取现象不容易被观测到。

作者
Author: Rui 时间: 2021-8-31 22:10

sobereva 发表于 2021-8-31 21:20
Li+的半径太小，因此和冠醚的结合不如K+强，这是正常的事。valinomycin结合碱金属离子也有这种现象

你 ...

好的，谢谢老师，这样做确实不合理。

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