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标题: 求助：关于模拟小分子配体复合物，使用multiwfn拟合resp关键词的使用 [打印本页]

作者
Author: 年年是陶大猫 时间: 2021-8-29 21:17
标题: 求助：关于模拟小分子配体复合物，使用multiwfn拟合resp关键词的使用
各位老师好，研究蛋白质和小分子复合物，经过对接的小分子保存最高得分的构象，然后利用这个构象和蛋白质进行分子动力学模拟。
其中小分子的itp文件的电荷利用multiwfn计算并替换，如果关键词写 B3LYP/6-311G** em=GD3BJ opt，那么替换电荷会不会影响原来小分子的构象呀？
可不可以关键词不写opt呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-29 22:51
原子电荷和构象完全是两码事，你当前需要的只是合理结构下的原子电荷，不用管opt导致结构相对于当前发生改变的事。
对接后小分子的结构可能明显不太合理，必须经过几何优化消除不合理性，这样结构下得到的原子电荷才比较有意义，因此不能去掉opt。

作者
Author: 年年是陶大猫 时间: 2021-8-29 22:59

sobereva 发表于 2021-8-29 22:51
原子电荷和构象完全是两码事，你当前需要的只是合理结构下的原子电荷，不用管opt导致结构相对于当前发生改 ...

感谢老师的回复，明白啦!!

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