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标题: Openmolcas安装中 make编译时遭遇问题 [打印本页]

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Author: 发光 时间: 2021-8-29 22:18
标题: Openmolcas安装中 make编译时遭遇问题
本帖最后由发光于 2021-8-31 12:49 编辑

按照《量子化学程序OpenMolcas的简易安装》进行安装，cmake,Intel等环境版本几乎相同。在make时，到达91%时，出现以下报错，虚拟机内存为2GB
ifort: error #10106: Fatal error in /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.5.281/linux/bin/intel64/fortcom, terminated by kill signal
compilation aborted for /usr/local/src/OpenMolcas-v21.06/src/mula/mula.f (code 1)
make[2]: *** [CMakeFiles/mula/CMakeFiles/mula_obj.dir/mula.f.o] 错误 1
make[1]: *** [CMakeFiles/mula/CMakeFiles/mula_obj.dir/all] 错误 2
make: *** [all] 错误 2执行ulimit -l unlimited 命令不能解决问题

将虚拟机内存改为4GB，出现以下报错
【100%】Generating ../../pymolcas
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/src/OpenMolcas-v21.06/Tools/pymolcas/export.py", line 75, in <module>
from pymolcas import warning
ModuleNotFoundError: No module named 'pymolcas'
make[2]: *** [pymolcas] 错误 1
make[1]: *** [Tools/pymolcas/CMakeFiles/pymolcas_target.dir/all] 错误 2
make: *** [all] 错误 2

问题已解决，增大内存，执行ulimit -l unlimited 即可。
如果自己编译的python3,而不是Anaconda python3 会出现问题，建立一个软连接即可解决问题：

[size=13.3333px]ln -s /usr/local/python3/bin/python3 /usr/bin/python3

[size=13.3333px]ls -l /usr/bin/python3

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-29 22:58
如果在出现这个报错的时候再执行一次make，会在同一个文件（mula.f）处报错吗？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-30 01:23
那个。。。。你标签选错了

作者
Author: 发光 时间: 2021-8-30 09:50
本帖最后由发光于 2021-8-30 09:51 编辑

wzkchem5 发表于 2021-8-29 22:58
如果在出现这个报错的时候再执行一次make，会在同一个文件（mula.f）处报错吗？

老师，我今天早上增大内存又尝试了一次，出现新的错误，我把原帖修正补充了，希望老师指导！(执行第二遍make报错相同)

作者
Author: 发光 时间: 2021-8-30 10:18

喵星大佬发表于 2021-8-30 01:23
那个。。。。你标签选错了

感谢老师的提醒

作者
Author: 发光 时间: 2021-8-30 10:52
问题已经解决，确实是内存设置的问题。
解决办法：增大虚拟机内存; make编译前执行ulimit -l unlimited命令

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-8-30 11:00
你的错误都好奇怪。。。一开始没法编译看来是内存不足的原因。关于现在的错误“ModuleNotFoundError: No module named 'pymolcas'，你的OpenMolcas环境变量是不是没写对啊

作者
Author: 发光 时间: 2021-8-30 12:42

zjxitcc 发表于 2021-8-30 11:00
你的错误都好奇怪。。。一开始没法编译看来是内存不足的原因。关于现在的错误“ModuleNotFoundError: No mo ...

解决了老师，是因为我前面一个误操作把pymolcas位置改变了。
但是验证实例出现新的问题：/usr/bin/env: python3: 没有那个文件或目录
我的python实在root用户自定义安装的（OpenMolcas也是在root用户，与教程不同，安装在/usr/local/src/下），
/usr/local/python3
/usr/local/python3/bin/python3
/opt/intel/intelpython3/pkgs/python-3.6.9-4/bin/python3
/opt/intel/intelpython3/bin/python3
想请教老师该怎么解决呢？非常感谢（编程比较薄弱，自己想法是似乎需要把两个路径连接一下，还是在环境变量再设置一个python3的路径？）

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-8-30 13:04
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-8-30 13:10 编辑

发光发表于 2021-8-30 12:42
解决了老师，是因为我前面一个误操作把pymolcas位置改变了。
但是验证实例出现新的问题：/usr/bin/env: ...

如果你是按我教程装的，讲道理应该用Anaconda Python3，你这咋没有它

你可以试试把pymolcas文件（注意不是pymolcas.py文件）里第一行的路径改成上述四行中的intel python路径，但不保证能正常运行、测试成功。

作者
Author: 发光 时间: 2021-8-30 13:34

zjxitcc 发表于 2021-8-30 13:04
如果你是按我教程装的，讲道理应该用Anaconda Python3，你这咋没有它

你可以试试把pymolcas文件（注意 ...

不成功，老师，我安装Anaconda Python3试试
谢谢老师

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