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标题: genmer产生的构型和手动建立很像，是怎么回事 [打印本页]

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Author: stonedj 时间: 2021-8-30 16:30
标题: genmer产生的构型和手动建立很像，是怎么回事
本帖最后由 stonedj 于 2021-8-31 08:45 编辑

请问一下：1.使用genmer+gaussian产生MgnHm（比如mg4H8）寻找团簇构型，手动建立的模型Mg4（正方形）上面进行吸8个氢使用genmer后会产生mg4（平行四边形）H8模型的吗？就是说手动建立的模型会影响团簇的生成吗（因为我用genmer发生生产的结构和我的手动建的很像没有出现差异很大的构型)，下图是我设置genmer的参数，向各位同学老师们请教，是不是哪里需要加一些限制条件不太清楚。我是先建的mg4h8构型然后改成xyz之后用下图的setting.ini产生的

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Author: liyuanhe211 时间: 2021-8-30 18:23
没用过genmer，不过你是要生成Mg4H8的结构还是多个Mg4H8聚集体的结构？你这输入文件表达的就是把一个Mg4H8单体放在原点上，然后就啥也不做了啊

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Author: stonedj 时间: 2021-8-30 20:48

liyuanhe211 发表于 2021-8-30 18:23
没用过genmer，不过你是要生成Mg4H8的结构还是多个Mg4H8聚集体的结构？你这输入文件表达的就是把一个Mg4H8 ...

是生成不同构型得mg4h8,不要多聚体，然后不知道怎么设置才能有不同构型得mg4H8团簇

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Author: SherryLiu 时间: 2021-8-31 04:38
楼主之前的做法就是把你手动建的Mg4H8当成输入文件了，出来的当然是跟你自己的一样。。
不知道你要生成的构型是什么样的，如果是全都分开的，那你的输入文件应该是单个Mg和单个H，然后后两行应该改为
4
examples/Mg.xyz
8
examples/H.xyz

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Author: stonedj 时间: 2021-8-31 08:40

SherryLiu 发表于 2021-8-31 04:38
楼主之前的做法就是把你手动建的Mg4H8当成输入文件了，出来的当然是跟你自己的一样。。
不知道你要生成的 ...

要生成得是一个整体Mg4H8分子，就是如果按照我那样做得话 mg4正方形是不动的，不过H会有移动，然后构型多的话也H 也能到正确的位置。但是总觉得不科学，我用答主的方法试试看~

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Author: sobereva 时间: 2021-8-31 14:32
你提供的xyz文件里的结构是被当做一个特定结构的片段看待的。如果提供一个含四个Mg的xyz文件，这四个Mg的相对位置关系在所得的团簇里就是始终相同的

仔细看此文里的大量例子和解释理解genmer的运行机制
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

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Author: stonedj 时间: 2021-8-31 22:31

sobereva 发表于 2021-8-31 14:32
你提供的xyz文件里的结构是被当做一个特定结构的片段看待的。如果提供一个含四个Mg的xyz文件，这四个Mg的相 ...

老师好，请问像这样两种元素得要想构成一个团簇模型哪些限制条件比较符合形成呢，尝试了一下主要想避免成为H2（就是Mg，H分开发射之后H-H很容易形成H2了），而是想生成Mg-H键，Mg团簇上吸氢

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Author: sobereva 时间: 2021-9-1 00:19

stonedj 发表于 2021-8-31 22:31
老师好，请问像这样两种元素得要想构成一个团簇模型哪些限制条件比较符合形成呢，尝试了一下主要想避免成 ...

或许可以加入约束条件，让某两种元素间距离必须在特定范围内，诸如要求H-H之间距离不能小于1.5埃
genmer目前不支持这种约束，你觉得有必要的话我可以加上

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Author: stonedj 时间: 2021-9-1 08:43

sobereva 发表于 2021-9-1 00:19
或许可以加入约束条件，让某两种元素间距离必须在特定范围内，诸如要求H-H之间距离不能小于1.5埃
genmer ...

希望sob老师能加上~因为要找新构型的话键长就是一个判据，辛苦老师辣~~

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Author: sobereva 时间: 2021-9-4 04:07

stonedj 发表于 2021-9-1 08:43
希望sob老师能加上~因为要找新构型的话键长就是一个判据，辛苦老师辣~~

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http://bbs.keinsci.com/thread-25005-1-1.html

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Author: stonedj 时间: 2021-9-14 21:45

sobereva 发表于 2021-9-4 04:07
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非常非常感谢老师！！！

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