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标题: 求助restarint-Lambdas调节不了pull code限制 [打印本页]

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Author: 冬至112 时间: 2021-8-31 17:51
标题: 求助restarint-Lambdas调节不了pull code限制
在跑蛋白质和配体对接的 fep 时，Lambda = 0 时的 vdw 和库仑力都为0，结果配体会离开口袋。查到 restarint-Lambdas 可以像调节vdw 和库仑力一样调节 pull code, 就在mdp里写了 pull code 限制口袋（pocket）和配体（lig_heavy）的质心距离不变：
      pull                      = yes
      pull_ncoords          = 1
      pull_ngroups          = 2
      pull_group1_name       = pocket
      pull_group2_name       = lig_heavy
      pull_coord1_type       = umbrella
      pull_coord1_geometry = distance
      pull_coord1_dim       = Y Y Y
      pull_coord1_groups    = 1 2
      pull_coord1_start    = yes
      pull_coord1_rate       = 0
      pull_coord1_k          = 1000

然后分别设置：

restraint-Lambdas = 1.0 1.0 1.0 .... 1.0
和
restraint-Lambdas = 0.0 0.0 0.0 .... 0.0
都只跑了Lambda=0的fep，结果ligand都没离开口袋。

请问：
1.正常情况下restraint-Lambdas = 0 或 1 是否表示pull code 生效或不生效？
2.是否需要其他关键词才能让restraint-Lambdas有效调节pull code?

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