计算化学公社

标题: LOL-pi作图问题 [打印本页]

作者
Author: JefferSon 时间: 2021-8-31 21:58
标题: LOL-pi作图问题
sob老师好，大家好：
我在作LOL-pi的图的时候，发现我的图总是碳是很低值而羟基值很高，感觉很不对劲，我的对象是含苯小分子，所以不在平面，我采取了-1，0，2的操作选了pi轨道然后就按sob老师教的作图，但把延展成6A了，然后选平面我直接选了苯环的三个间位的C做为平面。还有就是我还想问一下这个LOL-pi定尺度下，可不可以通过相对变化，比如说颜色和辐射范围的大小，证明苯环的芳香性，从而证明含苯小分子对药物(含苯)的共轭能力更强。还有就是我换了几个基组和函数去跑，发现几组下来AV1245的相对值有点出入，但是这种差异都是小数点后两位甚至后三位的，想问一下这样的嘛。谢谢老师和同学的指导。 (, 下载次数 Times of downloads: 22) (, 下载次数 Times of downloads: 29) (, 下载次数 Times of downloads: 38) (, 下载次数 Times of downloads: 32) (, 下载次数 Times of downloads: 26) (, 下载次数 Times of downloads: 33)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-1 12:35
显然不能绘制苯环平面的图，必须绘制苯环平面诸如上方1埃平面的图，要不然怎么体现pi电子特征？明明pi电子在苯环平面正好是节面

你最好先绘制等值面图，看看等值面特征对不对，之后再说平面图的事

苯环本来就肯定有芳香性，根本用不着证明，顶多是周围连上不同基团的时候芳香性会有点差异而已，这里有的是方法可以定量讨论：
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176

“含苯小分子对药物(含苯)的共轭能力更强”看不懂你的意思。直接说最终研究目的就完了。

分清楚函数和泛函
计算级别不同，波函数都不一样，显然AV1245不可能相同

作者
Author: JefferSon 时间: 2021-9-1 16:38
本帖最后由 JefferSon 于 2021-9-1 16:50 编辑

sobereva 发表于 2021-9-1 12:35
显然不能绘制苯环平面的图，必须绘制苯环平面诸如上方1埃平面的图，要不然怎么体现pi电子特征？明明pi电子 ...

sob老师您好，就是我是用了6-311+G**和ωB97XD/def2-TZVP对三个小分子进行计算，主要是看他们三个的AV1245值的高低来看这个"周围连接不同基团"是否会造成芳香性的差异，然后因为我们做了实验，改性后的分子对药物的共轭能力提高了，体现在载药能力的增强。但是问题是我们计算出来的AV1245值可能相差太近了，如上所述相差只有0.1或者0.01数量级，不知道这样的差异是否为显著，感谢sob老师的解惑！
还有第一个问题方面，还有就是平面图我目前能在XY平面看见正确的平面图(上方1.2A)，但由于苯环不是完全平行于XY平面，观察只能是这样。我想问一下如果指定原子作为平面可以像直接选择平面一样作图嘛。或者有什么方法可以使其平行于XY平面。谢谢sob老师！ (, 下载次数 Times of downloads: 29) (, 下载次数 Times of downloads: 25) 我有想到的就是用最后的改分子的角度，-1，但是不是很懂如何快速知道角度，感谢sob老师解惑！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-1 16:47

JefferSon 发表于 2021-9-1 16:38
sob老师您好，就是我是用了6-311+G**和ωB97XD/def2-TZVP对三个小分子进行计算，主要是看他们三个的AV124 ...

“分子对药物的共轭能力提高了，体现在载药能力的增强”前后根本没有逻辑关系。你对共轭这个词理解严重有误，载药能力提高应当是相互作用增强了，根本不是体现在“共轭”上。考察连接不同基团对相互作用有什么影响有很多考查方式，包括计算结合自由能，做各种波函数分析，见《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》（http://sobereva.com/252）

另外，当前体系没有任何必要加弥散函数。特别是用默认情况下，Multiwfn自动判断pi轨道用的是Pipek-Mezey算法做轨道定域化，此时根本就不能带弥散函数。下文专门说了
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432（http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html）

注意，令Multiwfn做轨道定域化的时候必须是用默认的Pipek-Mezey方法来做，不能改用Foster-Boys方法来做，因为前者可以给出sigma和pi分离的LMO，而后者产生的多重键对应的LMO是sigma和pi混合的。默认的Pipek-Mezey是基于Mulliken布居实现的，此时基组最好不要带弥散函数（对于定域化占据轨道但也不是一定不行，也可以实际试试效果）。如果有特殊原因必须带弥散函数，并且发现默认的Pipek-Mezey得到的定域化轨道不好，建议改用基于Becke布居的Pipek-Mezey方法，但对于较大体系昂贵得多得多。

看不太懂你的描述，想让苯环平行于XY非常简单，Multiwfn里敲几下键盘即可，这里说了
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）
平行于XY平面并得到新的gjf后，重新算单点得到波函数文件，再重新分析即可。记得算单点时还得带上nosymm关键词，免得Gaussian自动调整朝向。

作者
Author: JefferSon 时间: 2021-9-1 16:52

sobereva 发表于 2021-9-1 16:47
“分子对药物的共轭能力提高了，体现在载药能力的增强”前后根本没有逻辑关系。你对共轭这个词理解严重有 ...

好的，谢谢sob老师！我的半桶水麻烦您了！

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