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标题: Discovery Studio配体片段融合问题求助 [打印本页]

作者
Author: vandenberg 时间: 2021-9-1 11:18
标题: Discovery Studio配体片段融合问题求助
各位老师，我在分子对接中遇到一个问题，
因为涉及到一个中间产物的对接，这个中间产物不是实际存在的化合物，或者说非常不稳定。只能
用软件构建后优化，但是优化后构象又发生了很大变化，放不回蛋白的晶体结构里面。所以我用DS把他拆成
两个部分构建并且优化。然后这两个部分在DS里面没法组合到一起，导致对接的时候只能用一部分对接，DS有什么
功能可以把两段配体融合到一起呢？
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-1 12:37
优化时候对某些关键的二面角进行限制，参考诸如
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

作者
Author: greatzdk 时间: 2021-9-1 14:05
本帖最后由 greatzdk 于 2021-9-1 14:07 编辑

pymol的builder可以帮助你修改3D的分子，尝试一下。把两个对接的片段直接在pymol里面修饰连接起来，整个结构放到蛋白口袋里面，整体优化一下。

作者
Author: vandenberg 时间: 2021-9-1 14:21

sobereva 发表于 2021-9-1 12:37
优化时候对某些关键的二面角进行限制，参考诸如
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/40 ...

谢谢

作者
Author: vandenberg 时间: 2021-9-1 14:21

greatzdk 发表于 2021-9-1 14:05
pymol的builder可以帮助你修改3D的分子，尝试一下。把两个对接的片段直接在pymol里面修饰连接起来，整个结 ...

谢谢回帖

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