计算化学公社

标题: 大家觉得ASE这个python库怎么样 [打印本页]

作者
Author: chinder 时间: 2021-9-2 00:09
标题: 大家觉得ASE这个python库怎么样
比如api的使用难易程度，构建模型和输入参数的难易程度，自带EMT、EAM等的计算效率，与其他量化软件的对接，与其他库特别是深度学习库的对接等。
（Atomic Simulation Environment ，ASE，手册传送门）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-9-2 05:06
本帖最后由卡开发发于 2021-9-2 08:05 编辑

ase挺好，能处理的东西涉及到晶体信息，比如对称性尤其是能带高对称点自动生成，也可以使用ASE的接口来调用计算引擎做优化结构和过渡态等，有些程序不支持NEB只要能得到能量和力也可以实现NEB，Henkelman组也提供了Dimer的插件。熟悉python的话可以很轻易建立一些简单的workflow。计算程序的接口有些参差不齐，不过熟悉的话可以按照自己的风格进行修改。
另外，因为Atoms的类设计的比较合理，通过io能实现不少输入输出格式的转换，没必要守着xxx程序。

作者
Author: 乐平 时间: 2021-9-3 09:55

卡开发发发表于 2021-9-1 23:06
ase挺好，能处理的东西涉及到晶体信息，比如对称性尤其是能带高对称点自动生成，也可以使用ASE的接口来调用 ...

感谢卡开发发老师的总结。

不过用 M$ 建模并固定原子层后，再用 ASE 的 Atom 的类里面的 ase.constraints 似乎不能正确读取 M$ 中的参数，还是得自己从原子位置来写脚本固定。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-9-3 10:01

乐平发表于 2021-9-3 09:55
感谢卡开发发老师的总结。

不过用 M$ 建模并固定原子层后，再用 ASE 的 Atom 的类里面的 ase.constrai ...

是，ASE对xsd的io没有读取固定的部分。最简单的做法是直接用ase gui来固定原子，支持鼠标框选。

这里说一下这个坑，就是xsd当中当你固定xyz或fractional xyz的时候再xsd中是直接在原子的标签上显示，而只固定其中x y z一个或两个的时候就会有专门的标签来记录这些信息。倒是不是说不能做这个io，我猜他们觉得太复杂就没做。

作者
Author: get-it 时间: 2021-9-3 22:56
我基本上每天都用。
和类似功能的pymatge,quippy相比，ase最大的优点是依赖的库少，必要的库只有numpy和scipy，对于集群无法上网的人很友好。

作者
Author: Jiongci-21 时间: 2022-5-19 15:28
安装ase遇到一些问题，首先是ase test 测试出现了“2 failed 和 1 error”，关于这个error，我重新安装了tkinter库，但是还是显示错误。求教该怎么解决呢？还有就是这样的测试结果说明ase安装成功了吗？可以正常使用吗？

作者
Author: Jiongci-21 时间: 2022-5-19 15:36
本帖最后由 Jiongci-21 于 2022-5-19 15:39 编辑

我按照教程进行学习，运行“from ase.io import write” 和 “write('slab.xyz', slab)”后会有提示信息“/home/xxx/.local/lib/python3.9/site-packages/ase/io/extxyz.py:302: UserWarning: Skipping unhashable information adsorbate_info” " warnings.warn('Skipping unhashable information ' "，但是输出文件正常，不知道这个提示信息说明什么？会影响ase的使用吗？

作者
Author: chinder 时间: 2022-5-23 02:36

Jiongci-21 发表于 2022-5-19 15:36
我按照教程进行学习，运行“from ase.io import write” 和 “write('slab.xyz', slab)”后会有提示信息“/ ...

ase只有gui模块用到了tkinter，你可以试试在终端里输入ase gui试试能不能用，不用ase gui的话这个error完全不用理会。ase的gui除了看动画和画图挺好用外，其他功能，特别是建模，恕我直言，我宁愿对着数字硬算也不用它那垃圾建模，纯粹恶心人。如果想试试的话，可以先在终端输入python -m tkinter 看tkinter是否正常，如果不正常建议搜索一下not module named 'tkinter‘，网上有很多解决方案。
Skipping unhashable information 这个错误我看了下源码，应该只是单纯的因为处理的某个数据既不是str也不是dict导致的，影响应该不大。想知道这个数据到底是什么的话，可以在home/xxx/.local/lib/python3.9/site-packages/ase/io/extxyz.py的301行，也就是except TypeError:这一行下面加上print(key,val)。

作者
Author: lycheeho 时间: 2023-6-3 16:58
本帖最后由 lycheeho 于 2023-6-3 17:02 编辑

卡开发发发表于 2021-9-2 05:06
ase挺好，能处理的东西涉及到晶体信息，比如对称性尤其是能带高对称点自动生成，也可以使用ASE的接口来调用 ...

你好，请问ase输出的.xyz文件最右边一列数字有什么意义？我该如何得到这样的.xyz文件作为下一步计算的输入文件呢？

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-5-8 10:36

get-it 发表于 2021-9-3 22:56
我基本上每天都用。
和类似功能的pymatge,quippy相比，ase最大的优点是依赖的库少，必要的库只有numpy和sc ...

老师您好，请问您知道ase是否可以实现读取gromacs的xtc文件以及统计水取向角吗

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