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标题: gromacs中pairs的存在感 [打印本页]

作者
Author: diaok 时间: 2016-1-5 15:04
标题: gromacs中pairs的存在感
求教
gromacs的itp文件中
理论上在pairs中是必须写出所有1-4位置的原子组合吗？
按照这篇帖子
http://sobereva.com/4
的确去掉pairs的确就没有1-4项了

而lammps软件中没有pairs这个设定
看special bonds的说明是直接通过dihedral来得到1-4列表

gromacs的dihedral中有些参数是通过几个限制势的组合来表示同一个二面角
由于dihedral参数可能需要调整，所以gromacs软件不会自动生成1-4列表？

我在尝试把gromacs的文件转换成lammps格式，是直接忽略这一项就行吗？

作者
Author: diaok 时间: 2016-1-5 15:46
补充
[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
; i    j    k    l func phase    kd    pn
   1    2    3    4    9    0.00 0.65084 3 ;    C1- C2- C3- O1
   1    2    3    11    9    0.00 0.65084 3 ;    C1- C2- C3- H7
   1    2    3    12    9    0.00 0.65084 3 ;    C1- C2- C3- H8
   2    3    4    5    9    0.00 0.66944 3 ;    C2- C3- O1- H1
   2    3    4    5    9    0.00 1.04600 1 ;    C2- C3- O1- H1
   4    3    2    9    9    0.00 0.00000 0 ;    O1- C3- C2- H5
   4    3    2    9    9    0.00 1.04600 1 ;    O1- C3- C2- H5
我用acpype加高斯得到的某个itp
后面两个二面角都用了2项，
O1- C3- C2- H5还用了双0的参数，是可以直接去掉吗？
另外查到的gaff力场formic-acid参数
[ pairs ]
;  ai aj funct
   1    5    1
   3    5    1

[ angles ]
;  ai aj ak funct  theta cth
1    2    3    1  1.2000e+02  4.6359e+02
1    2    4    1  1.1370e+02  4.5271e+02
2    4    5    1  1.0737e+02  4.2844e+02
3    2    4    1  1.2288e+02  6.4768e+02

[ dihedrals ]
;i  j k  l    func C0  ...  C5
1 2 4 5    3 19.24640    0.00000 -19.24640    0.00000    0.00000    0.00000 ;
3 2 4 5    3 27.19600 -7.94960 -19.24640    0.00000    0.00000    0.00000 ;
1 3 2 4    3 87.86400    0.00000 -87.86400    0.00000    0.00000    0.00000 ;
3个二面角却只写了2个pairs

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-5 16:05
必须明确写所有1-4组合。不写的就当成没有1-4作用。这样好处是可以直接控制1-4作用的参数，以及是否考虑1-4。
lammps的事我不清楚，既然lammps自动就产生1-4项，可以先忽略试试。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-5 16:09

diaok 发表于 2016-1-5 15:46
补充
[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9

力常数为0的都可以去掉。
gaff那个，看具体结构。不是所有二面角都得有1-4作用，有的时候设定了1-4反倒不妥。比如我以前模拟-O-SO3H基团的时候，如果给H-O-S-O设定1-4作用的话，结果会发现O和H吸到一起去导致模拟崩溃。

作者
Author: diaok 时间: 2016-1-5 16:56

sobereva 发表于 2016-1-5 16:09
力常数为0的都可以去掉。
gaff那个，看具体结构。不是所有二面角都得有1-4作用，有的时候设定了1-4反倒 ...

非常感谢

按照H-O-S-O的例子
就是说这个体系正常转移到lammps里面肯定会崩溃了

我就先用这个基团试试

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-5 20:28

diaok 发表于 2016-1-5 16:56
非常感谢

按照H-O-S-O的例子

你先不用管这个基团，就用你研究的分子，实际在lammps里试试，跑起来结构没问题就行了

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-12-8 20:54
本帖最后由 tjuptz 于 2019-12-27 18:54 编辑

sobereva 发表于 2016-1-5 16:09
力常数为0的都可以去掉。
gaff那个，看具体结构。不是所有二面角都得有1-4作用，有的时候设定了1-4反倒 ...

老师，补参数时力常数为0的就直接删掉就可以了呗
注：没必要

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