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标题: 用不同gro文件做输入得到的测试粒子插入(test particle insertion, tpi)结果不同？ [打印本页]

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Author: Alset 时间: 2021-9-3 10:50
标题: 用不同gro文件做输入得到的测试粒子插入(test particle insertion, tpi)结果不同？
本帖最后由 Alset 于 2021-9-3 10:50 编辑

各位老师们好，

在使用GROMACS时，用不同gro文件做输入得到的测试粒子插入(test particle insertion, tpi)产生了不同的结果，具体的测试如下图：
（prd = production run, mu = excesss chemical potential, ext = extended)

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其中，在对延伸模拟做tpi时我使用了3种gro文件，分别为gro（第一次prd产生的）、ext-gro（延伸模拟产生的）以及gro*（将gro最后一行的盒尺寸改得和ext-gro完全一样）。
不难发现：
一、使用gro与两段连续关系的轨迹（xtc & ext-xtc）做tpi时得到了相近的结果为mu1、mu2
二、使用不同的gro（gro & ext-gro）对同一段轨迹（ext-xtc）做tpi时得到了差别较大的结果mu2、mu3
三、使用盒尺寸相同，但来源不同的gro，对同一段轨迹做tpi时得到了相近的结果mu3、mu4
因此我们很容易将产生上述“二”结果的原因归咎于GROMACS无法正确地使用xtc的体积（盒子尺寸），因为gro文件所扮演的角色仅为表明测试粒子的存在，而并不应该提供坐标、盒尺寸等信息。
为了验证这点，我取用先前所作一测试xvg文件部分数据进行了验算：
(, 下载次数 Times of downloads: 12)
其中，最后两列标红的数字分别为用V=Vgro以及V=Vxtc计算的结果，发现其实GROMACS能正确地使用轨迹中的体积来计算mu，所以我想是否可能是GROMACS在计算势能U时错误地使用了gro文件末尾的体积而非轨迹体积的三分之一次方作为盒子尺寸呢？因为这可能会影响到周期性边界条件，进而影响到U与mu。
但这点无从测试验算，因为测试粒子的插入是随机的，
所以我想请问各位老师，是否有遇到过类似的情况？以及上述情况的出现是否可能有别的原因？

谢谢！

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