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标题: POPC模拟问题 [打印本页]

作者
Author: 金水河的春天 时间: 2021-9-3 11:33
标题: POPC模拟问题
我用的合作课题组解析的结构，结构里有popc，但没有解析完全，我自己通过pymol补全后由于原子编号不同，gromacs不认识。我想请问这种问题该怎么解决呢？我现在的想法是：
1.根据VMD生成POPC的编号去改我现在的文件（有点麻烦）
2.通过cgenff生成。（疑问是通过cgenff生成的文件能否准确描述popc？）
PS：如果cgenff模拟出来不影响结果，是否能用cgenff直接处理我自己补全的popc，如果不行，是不是只能通过修改原子编号的方式？是否还有其它方法？
谢谢各位老师的指点！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-3 12:44
帖子标题里别随便用叹号，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
给你去掉了，下次注意

作者
Author: 金水河的春天 时间: 2021-9-3 13:10

sobereva 发表于 2021-9-3 12:44
帖子标题里别随便用叹号，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
给你去掉了，下次注意

好的，好的，谢谢卢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-3 13:22
我不知道有多少个POPC。如果就一两个，自己手动改序号使之与拓扑文件一致最快。如果很多，自己写个程序，根据连接关系重排序号
如果POPC只是体系中不重要的分子，你用产生拓扑文件的工具直接产生无所谓。如果是比较重要的，比如要模拟膜/膜蛋白，用普适性力场去描述很容易糟质疑。

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