计算化学公社

标题: 求助：福井函数等值面图怎么分析 [打印本页]

作者
Author: July 时间: 2021-9-3 21:34
标题: 求助：福井函数等值面图怎么分析
请问一下，是否有大神可以指导一下，下图该怎么分析，不同的颜色有什么含义，等值面的大小有什么含义
比如：f+图中绿色区域越大是否代表越容易发生请核反应？
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-3 21:59
这么大红字还看不见么？？？为什么发到公社大厅板块？？？
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这次给你移动了，下次删帖+扣积分处理！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-4 02:28
把里面相关资料都仔细看了
亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml）
Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）
幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
Multiwfn手册4.A.4节对各种Multiwfn支持的反应位点预测方法的总结
概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）
通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点
http://sobereva.com/533
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html）

f+预测亲核位点并不准确，不建议用

好好把此文看了
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
尤其是Q64

作者
Author: July 时间: 2021-9-4 14:14

sobereva 发表于 2021-9-3 21:59
这么大红字还看不见么？？？为什么发到公社大厅板块？？？

好的，谢谢社长，下次会注意

作者
Author: July 时间: 2021-9-4 15:17

sobereva 发表于 2021-9-4 02:28
把里面相关资料都仔细看了
亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstra ...

谢谢社长，我需要消化一下。再请教您一个问题，Hirshfeld电荷的计算结果可以可视化吗？可以的话具体是怎么操作的？

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-4 15:45

July 发表于 2021-9-4 15:17
谢谢社长，我需要消化一下。再请教您一个问题，Hirshfeld电荷的计算结果可以可视化吗？可以的话具体是怎 ...

如果Hirshfeld电荷是Gaussian算的，GaussView就可以看，或者找个Gaussian的输出文件，把电荷替换掉之前的Mulliken电荷部分然后看。更好的是用VMD看pqr文件，pqr文件可以用Multiwfn生成。看卢老师博文《使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数》http://bbs.keinsci.com/thread-10163-1-1.html

作者
Author: July 时间: 2021-9-8 14:59

snljty 发表于 2021-9-4 15:45
如果Hirshfeld电荷是Gaussian算的，GaussView就可以看，或者找个Gaussian的输出文件，把电荷替换掉之前的 ...

嗯呢，学会了，谢谢

作者
Author: July 时间: 2021-9-9 16:43

sobereva 发表于 2021-9-4 02:28
把里面相关资料都仔细看了
亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstra ...

社长，请问福井函数方法是否适用于预测单线态氧的攻击位点，或者是否有其他的方法适用于预测单线态氧的攻击位点

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-10 02:22

July 发表于 2021-9-9 16:43
社长，请问福井函数方法是否适用于预测单线态氧的攻击位点，或者是否有其他的方法适用于预测单线态氧的攻 ...

得说清楚被攻击的体系是什么、可能得到什么产物

作者
Author: July 时间: 2021-9-10 19:20

sobereva 发表于 2021-9-10 02:22
得说清楚被攻击的体系是什么、可能得到什么产物

被攻击的是环丙沙星分子，产物可能是脱掉一些基团或者破坏苯环

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-11 02:38

July 发表于 2021-9-10 19:20
被攻击的是环丙沙星分子，产物可能是脱掉一些基团或者破坏苯环

通常你得先知道或大致估计有可能得到什么产物，对有可能参与反应的位点再根据福井函数之类的去判断哪个位点可能优先反应。光是简单地看哪里数值最大并不靠谱，往往数值最大的原子根本不可能反应。

作者
Author: July 时间: 2021-9-14 10:18

sobereva 发表于 2021-9-11 02:38
通常你得先知道或大致估计有可能得到什么产物，对有可能参与反应的位点再根据福井函数之类的去判断哪个位 ...

嗯呢，明白了，谢谢社长。还有一个问题是单线态氧的话是比较f0的值来判断吗？因为f0值一般用来判断自由基的攻击位点，所以不清楚单线态氧是否也适用。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-15 01:29

July 发表于 2021-9-14 10:18
嗯呢，明白了，谢谢社长。还有一个问题是单线态氧的话是比较f0的值来判断吗？因为f0值一般用来判断自由基 ...

f0是适合反应过程中两个物质间没有太显著电荷转移的情况的，自由基反应只不过往往是这种情况，不要把f0和预测自由基反应划等号
所以必须得知道具体是什么反应，不是光由其中一个反应物一方决定的

作者
Author: July 时间: 2021-9-17 10:15

sobereva 发表于 2021-9-15 01:29
f0是适合反应过程中两个物质间没有太显著电荷转移的情况的，自由基反应只不过往往是这种情况，不要把f0和 ...

好的，谢谢社长。

作者
Author: weiyiran 时间: 2021-11-6 17:54

sobereva 发表于 2021-9-4 02:28
把里面相关资料都仔细看了
亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstra ...

卢老师好！我在另一个帖子里http://bbs.keinsci.com/thread-26150-1-1.html提问了关于非中性分子（即离子）福井函数计算的问题，有前辈帮解答了下，但还是不太理解。如果只计算阳离子部分当做N，那么他的电荷我是应该定为0还是+1呢？按照福井函数的含义，似乎N必须是中性分子，如果只计算阳离子部分，写成电荷为0，不符合实际情况啊。但是如果要写全部分子（阴离子是一个氯离子），优化又比较困难。想麻烦卢老师解答一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-6 17:55

weiyiran 发表于 2021-11-6 17:54
卢老师好！我在另一个帖子里http://bbs.keinsci.com/thread-26150-1-1.html提问了关于非中性分子（即离子 ...

如果是带一个正电荷的阳离子，当然是+1

“按照福井函数的含义，似乎N必须是中性分子”从来就没有这一条说法，这是你的极度误解。N始终代表的是体系原始状态的电子数

作者
Author: weiyiran 时间: 2021-11-8 07:23
非常感谢卢老师解答！这下就明白了！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)