计算化学公社

标题: 同一计算内容，自己win版高斯算0.5h，超算上算4h后被终止作业 [打印本页]

作者
Author: qinson1997 时间: 2021-9-4 11:06
标题: 同一计算内容，自己win版高斯算0.5h，超算上算4h后被终止作业
本帖最后由 qinson1997 于 2021-9-4 11:13 编辑

[attach]38767[/attach]这是超算上gjf文件。[attach]38763[/attach]这是超算上的脚本。[attach]38764[/attach]这是在超算上作业退出后的log文件，我发现它可以收敛的。但也算了2个多小时。而在我电脑 (, 下载次数 Times of downloads: 24) (, 下载次数 Times of downloads: 21) 上用1400MB算opt+freq总共也就0.5h，没有错误，完整运行。 (, 下载次数 Times of downloads: 22) 然后开始算频率。 (, 下载次数 Times of downloads: 19) 最后log文件以这样的方式结束了。 (, 下载次数 Times of downloads: 17)

slurm系统给出了这个out文件。总是报错srun: error: c0702: task 19: Exited with exit code 1
srun: error: c0702: task 23: Exited with exit code 1像这样的。我在论坛搜了好多帖子。没有搜到与我相关的。如果有遇到的大神，还请不吝赐教。谢谢大家。

作者
Author: 玉米猫 时间: 2021-9-4 15:15
会不会是以28节点每个节点1核的方式提交了？可以问一下管理员吧

作者
Author: qinson1997 时间: 2021-9-4 17:23

玉米猫发表于 2021-9-4 15:15
会不会是以28节点每个节点1核的方式提交了？可以问一下管理员吧

我是1节点提交任务的，我觉得是我设置的内存和线程太大了。出bug了。、

作者
Author: highlight 时间: 2021-9-6 10:59
不要 srun 啊，单机运行 gaussian 的时候不也不用 mpirun 么
你这相当于同时运行了 28 个相同的作业，不慢才有鬼呢

作者
Author: qinson1997 时间: 2021-9-6 13:33

highlight 发表于 2021-9-6 10:59
不要 srun 啊，单机运行 gaussian 的时候不也不用 mpirun 么
你这相当于同时运行了 28 个相同的作业，不慢 ...

我最后改成N 1 n 1 ，程序运行1h，最后又会终止，还是这样的

(, 下载次数 Times of downloads: 24) 。我所有的附件都上传了，还请前辈帮忙看看，不胜感激。

作者
Author: qinson1997 时间: 2021-9-6 13:35

highlight 发表于 2021-9-6 10:59
不要 srun 啊，单机运行 gaussian 的时候不也不用 mpirun 么
你这相当于同时运行了 28 个相同的作业，不慢 ...

提交批处理作业不需要在脚本里最后写上 srun xxxxxx的吗？我看slurm用户手册给的例子是这样写的，我不太明白所以问的多些

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-6 15:10

qinson1997 发表于 2021-9-6 13:33
我最后改成N 1 n 1 ，程序运行1h，最后又会终止，还是这样的。我所有的附件都上传了，还请前辈帮忙看看 ...

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴第4节了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

作者
Author: highlight 时间: 2021-9-6 15:20
本帖最后由 highlight 于 2021-9-6 15:22 编辑

不需要 srun，那是需要 mpirun 的时候用的。直接 g16 输入文件名，像这样

#!/bin/bash
#SBATCH -J 942
#SBATCH -p COMPUTE
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 28

export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
export g16root=/Share/apps/Gaussian
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=~/gstmp

g16 942.gjf

作者
Author: qinson1997 时间: 2021-9-6 15:59

sobereva 发表于 2021-9-6 15:10
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴第4节了解怎么正确贴图，此问题在 ...

收到，，谢谢，。

作者
Author: qinson1997 时间: 2021-9-6 16:27

highlight 发表于 2021-9-6 15:20
不需要 srun，那是需要 mpirun 的时候用的。直接 g16 输入文件名，像这样

谢谢前辈

，一开始有很多不懂，谢谢您

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