计算化学公社

标题: Oniom计算蛋白和中间态底物体系跑飞 [打印本页]

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2021-9-4 14:36
标题: Oniom计算蛋白和中间态底物体系跑飞
我想要使用Oniom计算一种切割多肽的酰胺酶在底物处于中间体I时的能量，但是无论QM区使用何种计算方法，在计算了数轮后总是出现QM区原子飞出体系的问题。
我怀疑可能是力场参数的问题。QM区的底物中间体的电荷我使用GAUSS计算并拟合RESP，键角参数使用GAFF2通用力场参数，可以用Amber做MD模拟不发生异常。我尝试过把非GAUSS自带的键角参数都设为0，但还是会在几轮计算后出现非冻结原子飞出体系的情况，另外也曾多次出现QM区和MM区的原子位置几乎相重叠的现象。

以下是我的运行输入文件，使用TAO包辅助生成，输出文件过大无法上传，最后的报错是l103，但是中间就出现了不合理的原子坐标，最后的几轮能量明显有问题。

希望有哪位大佬可以为我解答。

%chk=new_full_r03.chk
%mem=16GB
%nprocshared=36
#p opt=quadmac oniom(b3lyp/6-31g:amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity
iop(2/15=3) test
test
4 1 -1 1 -1 1
N-N3-0.184900 -1 56.71000000 41.85600000 21.21700000 L
H-H-0.189800 -1 55.72000000 41.68600000 21.14700000 L
H-H-0.189800 -1 56.84000000 42.26600000 22.13700000 L
……
HrmBnd1 CW CC H4 0.00 0.00
HrmBnd1 HC CT OS 0.00 0.00
HrmBnd1 HC CT H1 0.00 0.00

复制代码

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-5 00:44
较大的文本型文件上传前记得先压缩

如果没有绝对必要用ONIOM，用簇模型，省事得多，也易于观察和分析处理
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597
基组不带极化没有任何实际意义

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2021-9-5 06:11

sobereva 发表于 2021-9-5 00:44
较大的文本型文件上传前记得先压缩

如果没有绝对必要用ONIOM，用簇模型，省事得多，也易于观察和分析处 ...

谢谢老师建议，我没有首选簇模型主要是因为这是一个ASP-HIS-SER催化三联子参与的酰胺酶水解底物多肽的反应，要挖出小于三百个原子的团簇有点困难，而且我不能确定自己选取的团簇是否合理。如果Oniom的问题迟迟无法解决我会考虑使用。
请问老师知道有哪些可能的原因会使得Oniom的高层原子飞出体系吗？我的电荷参数和力场参数在Amber下是可以正常跑MD的，但是在Gauss中就总是飞出体系，把缺失键参数设为0也会飞出体系，且经常出现两原子相距过近的问题，难道Gauss的Amber力场的是能项和Amber不同？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-5 07:04

ZetaFunction 发表于 2021-9-5 06:11
谢谢老师建议，我没有首选簇模型主要是因为这是一个ASP-HIS-SER催化三联子参与的酰胺酶水解底物多肽的反 ...

用Amber或者NAMD的QM/MM，别用ONIOM，这玩意高层也要用底层方法来一遍可能搞出很多莫名其妙的问题

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-5 12:44

ZetaFunction 发表于 2021-9-5 06:11
谢谢老师建议，我没有首选簇模型主要是因为这是一个ASP-HIS-SER催化三联子参与的酰胺酶水解底物多肽的反 ...

没有不同，只不过Amber力场版本有差异，但LJ参数相差也就毫厘之间

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