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标题: 求助如何用GROMACS做红外光照能量模拟 [打印本页]

作者
Author: 可救救孩子吧 时间: 2021-9-4 15:51
标题: 求助如何用GROMACS做红外光照能量模拟
想要用GROMACS做红外光能量的模拟请具体到每一步小弟先感谢大佬谢谢鞠躬

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-5 00:47
说清楚什么叫“红外光能量的模拟”，根本就没有这种概念。而且必须说清楚是什么体系。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-5 01:57
你要做红外吸收还是红外发射？静态光谱还是动态过程？只需要吸收波数还是也需要吸收强度？如果需要吸收强度，只需要不同峰的相对强度还是需要绝对强度？需要能体现出吸收红外导致的热效应吗？体系里有没有金属元素？如果有的话，有没有过渡金属？是气相还是凝聚相？
必须先依次回答这些问题，一个也不能遗漏，如果不清楚你的具体需求，先去查文献明确你的需求，达到能准确、无歧义地回答出以上各个问题的程度，这样我们才能告诉你能不能做，以及怎么做

作者
Author: 可救救孩子吧 时间: 2021-9-14 12:30

wzkchem5 发表于 2021-9-5 01:57
你要做红外吸收还是红外发射？静态光谱还是动态过程？只需要吸收波数还是也需要吸收强度？如果需要吸收强度 ...

您好，感谢回复，谢谢谢谢
1我老师就说让我加一个红外光照射能量的模拟

那我就哪个简单做那个类型的就可以
2静态就可以（如果动态更简单我做动态也可以，老师没有具体要求）
3吸收强度就可以
4不同峰的相对强度有个对比就行
5需要体现出吸收红外导致的热效应
6体系里没有金属元素
7全原子力场，模拟是在生理ph条件下进行的。在十二面体盒中加入所需数量的Na+反离子来中和模型系统。近程范德华相互作用截止保持在1.0 nm，在NVT和NPT条件下，系统能量达到最小和平衡，分别在300k和500ps下进行。

这一块我实在是不太懂，是近期新学的这一方面不知道我的需求有没有表达清楚，给大家添麻烦了，我的最终目的就是根据老师要求用GROMACE加入红外光照射的能量模拟（这个是老师的原话）谢谢谢谢谢谢不知道怎么表达我的感谢了多说几句谢谢谢谢谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-14 19:24

可救救孩子吧发表于 2021-9-14 05:30
您好，感谢回复，谢谢谢谢
1我老师就说让我加一个红外光照射能量的模拟那我就哪个简单做那个类型 ...

应该反复和老师确认老师的具体意思，可能老师一开始就没说清楚，但是看你没追问，老师也以为自己说清楚了。
热效应估计非常困难，我怀疑gromacs做不了，不过我不确定

作者
Author: 可救救孩子吧 时间: 2021-9-15 12:14

wzkchem5 发表于 2021-9-14 19:24
应该反复和老师确认老师的具体意思，可能老师一开始就没说清楚，但是看你没追问，老师也以为自己说清楚了 ...

好的感谢我去跟老师再沟通沟通实在是害怕老师哈哈哈

谢谢谢谢

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