计算化学公社

标题: 求助模拟结束之后体系一部分在盒子外面了，以及体积和能量都出现异常峰值 [打印本页]

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-9-4 22:29
标题: 求助模拟结束之后体系一部分在盒子外面了，以及体积和能量都出现异常峰值
老师您好，我将体系模拟结束之后，体系一部分在盒子外面了，这是什么情况？还有就是在0-300ps之间，体积和能量都出现异常峰值，麻烦老师帮我看一下哪里出现问题了？
我将em、nvt、npt运行结束的数据分析结果附上。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-5 01:00
gmx直接产生的gro文件默认是以保持分子完整的情况记录的，原子必然可能露在外面

没看见有什么异常峰值，明明随着模拟进行到后期各个量都有收敛趋势，继续跑就完了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)