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标题: 求助：两相体系NVT过程参数设置 [打印本页]

作者
Author: xjtu_zk 时间: 2021-9-4 23:09
标题: 求助：两相体系NVT过程参数设置
本帖最后由 xjtu_zk 于 2021-9-4 23:20 编辑

各位前辈，现模拟一个癸酸和水的两相体系，已经按照文献中的参数完成了第一步构建好了两相体系，得到了GRO文件，文献里对下一步有这样的表述：The interface is optimized by relaxing the decanoic acid layer in NVT ensemble with the water molecules fixed, and then relaxing water layer with decanoic acid layer fixed，不太明白这是什么意思，是需要在MDP文件里增加什么约束么？

(, 下载次数 Times of downloads: 48)

(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-5 01:02
把水层freeze住，从而只跑癸酸部分。然后再把癸酸部分freeze住，从而只跑水的部分

freeze和约束是两码事
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

作者
Author: xjtu_zk 时间: 2021-9-5 13:38
本帖最后由 xjtu_zk 于 2021-9-5 13:44 编辑

sobereva 发表于 2021-9-5 01:02
把水层freeze住，从而只跑癸酸部分。然后再把癸酸部分freeze住，从而只跑水的部分

freeze和约束是两码事 ...

谢谢社长指教！还是有两个问题请社长指教下。

1.文献中这个表述是完全freeze住么？还是说restrain就可以。

2.体系的拓扑（.top）文件如下。如果是进行freeze水的癸酸NVT，那么MDP文件里是不添加【freezegrps = SOL freezedim = X Y Z】

[ molecules ]
; Compound       #mols
DKA             480
SOL             2604

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-5 13:39

xjtu_zk 发表于 2021-9-5 13:38
谢谢社长指教！文献中这个表述是完全freeze住么？还是说restrain就可以。

用freeze和restraint对当前情况实际效果没什么区别

作者
Author: xjtu_zk 时间: 2021-9-5 13:46

sobereva 发表于 2021-9-5 13:39
用freeze和restraint对当前情况实际效果没什么区别

好的，明白了，谢谢社长！
体系的拓扑（.top）文件如下。[ molecules ]
; Compound       #mols
DKA             480
SOL             2604
如果是进行freeze水的癸酸NVT，那么MDP文件里是不添加【freezegrps = SOL freezedim = X Y Z】就可以了？
如果是进行freeze癸酸的水NVT，那么MDP文件里是不添加【freezegrps = DKA freezedim = X Y Z】就可以了？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-5 14:57

xjtu_zk 发表于 2021-9-5 13:46
好的，明白了，谢谢社长！
体系的拓扑（.top）文件如下。[ molecules ]
; Compound #mols

freezedim 应当是Y Y Y，代表X/Y/Z这三个方向冻结都是yes

freezegrps = DKA时如果grompp认不出来DKA组的定义，需要提供索引文件定义DKA组

作者
Author: xjtu_zk 时间: 2021-9-7 11:32
本帖最后由 xjtu_zk 于 2021-9-7 11:34 编辑

sobereva 发表于 2021-9-5 14:57
freezedim 应当是Y Y Y，代表X/Y/Z这三个方向冻结都是yes

freezegrps = DKA时如果grompp认不出来DKA组 ...

社长，freeze住以后，grompp时出现了下面这样的信息以后就停止了，未能生成.tpr文件。

Number of degrees of freedom in T-Coupling group System is 31197.00
Determining Verlet buffer for a tolerance of 0.005 kJ/mol/ps at 350 K
double free or corruption (out)
已放弃 (核心已转储)

这是什么原因啊？NVT的MDP文件我也附上，是写的有问题么？ (, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-8 03:34

xjtu_zk 发表于 2021-9-7 11:32
社长，freeze住以后，grompp时出现了下面这样的信息以后就停止了，未能生成.tpr文件。

Number of degr ...

绝对不要用constraints = all-bonds，网上坑爹教程以讹传讹。我在本论坛里已经指出过N遍了

光从mdp上没法判断。改成位置限制

作者
Author: xjtu_zk 时间: 2021-9-8 10:17

sobereva 发表于 2021-9-8 03:34
绝对不要用constraints = all-bonds，网上坑爹教程以讹传讹。我在本论坛里已经指出过N遍了
...

社长，键约束改成h-bonds限制后，以及none均报同样的错误。
我把整个grompp文件都上传上来了，如果可以的话，麻烦帮我看看，谢谢！

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: lyj714 时间: 2021-9-8 12:27

xjtu_zk 发表于 2021-9-7 11:32
社长，freeze住以后，grompp时出现了下面这样的信息以后就停止了，未能生成.tpr文件。

Number of degr ...

如果你是用的某个gromacs2020的版本，那么很不幸可能是bug，因为freeze我以前也碰到过grompp直接退出的情况，换2019或者其他非2020系列的就行了。

作者
Author: xjtu_zk 时间: 2021-9-8 13:07

lyj714 发表于 2021-9-8 12:27
如果你是用的某个gromacs2020的版本，那么很不幸可能是bug，因为freeze我以前也碰到过grompp直接退出的情 ...

好的，谢谢，我试试！

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