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标题: 2019gmxGPU 版本MD后的RMSF普遍高于非GPU版本，为何？ [打印本页]

作者
Author: Tonycjlu 时间: 2021-9-5 16:31
标题: 2019gmxGPU 版本MD后的RMSF普遍高于非GPU版本，为何？
各位吧友，我最近MD的时候遇到一个奇怪的事情，在一台2019gmxGPU 上跑出的RMSF明显大于另一台非GPU的结果。同一个蛋白体系，重复多次，均是这样的结果，请教可能的原因，谢谢！

作者
Author: lyj714 时间: 2021-9-6 12:53
本帖最后由 lyj714 于 2021-9-6 12:56 编辑

说清楚具体情况，两个机子具体到小版本号的gmx版本各是多少，你怎么重复的？可以都用同一个tpr跑模拟看一下情况，如果还是不同，那应该是有一个平台的gmx有问题。也可以测试用gmx mdrun -nb cpu使得gpu版本的那个gmx只用cpu跑看下结果如何。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-6 16:38
没有什么明显的原理上的因素会导致这个问题，应当只是对比时缺乏可比性导致的，没细节没法说

作者
Author: Tonycjlu 时间: 2021-9-7 10:47

lyj714 发表于 2021-9-6 12:53
说清楚具体情况，两个机子具体到小版本号的gmx版本各是多少，你怎么重复的？可以都用同一个tpr跑模拟看一下 ...

好的，不用GPU跑几个，和另一台对比一下。谢谢！

作者
Author: Tonycjlu 时间: 2021-9-7 10:49

sobereva 发表于 2021-9-6 16:38
没有什么明显的原理上的因素会导致这个问题，应当只是对比时缺乏可比性导致的，没细节没法说

谢谢卢老师的指导，我也感觉原理上不会有问题，我再多试几次看看。

作者
Author: Tonycjlu 时间: 2021-9-7 10:50

lyj714 发表于 2021-9-6 12:53
说清楚具体情况，两个机子具体到小版本号的gmx版本各是多少，你怎么重复的？可以都用同一个tpr跑模拟看一下 ...

gmx的版本号都是2019.6，一个是GPU版本，一个是纯CPU版本。

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