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标题: WSL ubuntu下用orca做优化停滞不动 [打印本页]

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Author: liangsirskku 时间: 2021-9-5 18:18
标题: WSL ubuntu下用orca做优化停滞不动
各位大佬好。
我用Gaussian在B3LYP/3-21G下做了一个高分子的结构优化（用3-21G实在是因为体系太大，在博文http://sobereva.com/336指导下，选择3-21g实在无奈之举），优化过程无异常。
本人好奇用WSL 的orca效率会如何（Ubuntu 20.04.2 LTS (GNU/Linux 4.4.0-19041-Microsoft x86_64)，orca 5.0.1,openmpi4.1.1)。便用multiwfn做了个orca的输入文件（http://sobereva.com/490）。运算一开始正常，但是大约过了一天后，就会发现CPU没有占用停滞不前。
http://bbs.keinsci.com/thread-873-1-1.html中提到了orca运行停滞，我试了降低核数和内存设定，仍然不管用。过了一天左右也会停滞。
http://bbs.keinsci.com/thread-10294-1-1.html我也注意到博文中提到旧的gbw文件可能会有影响，每次运行前，都是清空了文件夹，文件夹中只有.inp输入文件。
http://bbs.keinsci.com/thread-18306-1-1.html中提到有WSL防火墙的问题，但是我在运行中并未见弹出防火墙。切在每次运行前均按博文中所示敲了sudo echo 0 > /proc/sys/kernel/yama/ptrace_scope。但是没有用。
还请各位大佬判断一下原因何在。
感谢。

附上运行大概数小时后的任务管理器截图和第二天停滞时的情况。
(, 下载次数 Times of downloads: 44)
(, 下载次数 Times of downloads: 27)
另外，因为.out文件太大无法上传，我于是压缩后上传。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-9-5 20:56
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-9-5 21:00 编辑

只含有机元素的高分子的话，比较建议采用线性标度方法做计算，此处即指分块方法，如多体展开，GEBF方法等，可以在DFT水平、常见基组（6-31G**，def2-SVP，cc-pVDZ甚至更大）下得到与传统DFT几乎一样的结果。GEBF程序（https://itcc.nju.edu.cn/lsqc/）免费的，其实它是调用Gaussian算子体系。如果使用程序碰到问题，直接向开发者发邮件问即可。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-5 22:43
从最后一步的结构往下续算试试？看是不是也是过了一天卡住？

作者
Author: exity 时间: 2021-9-6 07:39
ORCA有win版吧，效率很可以

作者
Author: liangsirskku 时间: 2021-9-6 08:06

wzkchem5 发表于 2021-9-5 22:43
从最后一步的结构往下续算试试？看是不是也是过了一天卡住？

是的，我这几天尝试了不同的核数设置。就是接着优化的最后一个结构再算。单说算倒是可以算，就是这也不是个办法。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-6 16:30
要求不高的话，与其用垃圾的B3LYP/3-21G，还不如用xtb在GFN2-xTB级别下优化，甚至两、三千原子都没压力。几百原子一会儿就优化完了
另外对于这种柔性大体系，弱相互作用通常对构象影响很明显，不带DFT-D3之类色散校正完全不可接受。
在ORCA里用B3LYP/3-21G绝对不是好主意。你应当用B97-3c或者更贵但也更好一些的r2SCAN-3c来优化这个，这是最佳选择。

作者
Author: liangsirskku 时间: 2021-9-9 08:35

exity 发表于 2021-9-6 07:39
ORCA有win版吧，效率很可以

是的。前两天用同样的输入文件在windows orca下跑了。算了两天没有报错。应该是WSL orca有什么问题

作者
Author: liangsirskku 时间: 2021-9-9 08:43

sobereva 发表于 2021-9-6 16:30
要求不高的话，与其用垃圾的B3LYP/3-21G，还不如用xtb在GFN2-xTB级别下优化，甚至两、三千原子都没压力。几 ...

是的，sob老师提醒得是。

其实我也试过用在WSL UBUNTU ORCA上用B97-3c，但是问题一直都是运行了一天后就停滞（试了不同的任务，只要耗时在一天以内都能够正常结束）。。。在楼上exity提醒下这两天我用ORCA Windows算了能正常运行，这是否可以认为WSL Ubuntu orca下运算超过一天停滞不是orca本身的问题，那么sob老师认为可能会是什么问题呢？感谢

作者
Author: 冰释之川 时间: 2021-9-9 09:32
WSL里调试程序和跑小型测试任务可以，但正式计算还是建议在纯linux下跑，毕竟WSL里有时候会莫名其妙地出现bug

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-10 02:19

liangsirskku 发表于 2021-9-9 08:43
是的，sob老师提醒得是。其实我也试过用在WSL UBUNTU ORCA上用B97-3c，但是问题一直都是运行了一天 ...

windows下就直接用windows版。如果非要在windows下用Linux版ORCA，尝试vmware虚拟机，但速度可能没有直接跑windows版快

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