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标题: 当原子个数小于多少时，才比较适合选择全原子力场 [打印本页]

作者
Author: Alan123 时间: 2021-9-7 00:32
标题: 当原子个数小于多少时，才比较适合选择全原子力场
老师，对于全原子力场，联合原子力场以及粗粒子化力场，我不太清楚这几个力场的具体适用的情景，当体系多大的时候，适用什么样的力场？还有一个问题就是acpype产生的top文件可以适用于联合原子力场吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-7 00:34
没有一个具体界限，要看模拟的体系，要跑的问题，机子的运算能力
一亿原子都有人用全原子跑
基本上，但凡你用全原子能跑得动的情况，就没必要粗粒化
联合原子力场和全原子力场能跑得动的尺度是相仿佛的，没必要特意去分。只不过跑那种非极性氢占很大部分的时候（如磷脂膜）刻意用联合原子力场倒是能便宜很多。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-7 06:35
本帖最后由喵星大佬于 2021-9-7 06:46 编辑

一亿原子只有疯狂的岛国人干了这么疯狂的事，还跑的是20us这种

一般的单节点计算的话，以生物分子为例，指蛋白/核酸/膜/小分子+水的情况，研究的问题以研究小分子药物对蛋白稳定性影响为例，一般轨迹需要单条10-100ns，预跑之类的不计入，有3090/A6000这种级别的单卡的情况下，用Gromacs，盒子里的总原子数超过30万左右会开始比较困难，基本极限在100万以内。如果可以多卡同时跑多条轨迹可以进一步适当放宽，如果需要算结合能/做FEP等情况，体系大小砍半，要做副本交换/研究蛋白折叠等情况另算，大概这样。有超算/多节点IB网络集群/在D. E. Shaw Res.有Anton2的等情况不列入讨论，再就是据说OpenMM会更快一些，但自己没用过不知道具体情况，那个还支持AMOEBA这样的可极化力场和其他一些复杂形式的力场。

实际上许多跑多个蛋白的同源/异源复合物的文章，整个体系算上水(膜)一般也不会超过50万个原子，连D. E. Shaw Res.发的文章里跑的体系大的也就30-40万原子。

作者
Author: Alan123 时间: 2021-9-7 08:34

sobereva 发表于 2021-9-7 00:34
没有一个具体界限，要看模拟的体系，要跑的问题，机子的运算能力
一亿原子都有人用全原子跑
基本上，但凡 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: Alan123 时间: 2021-9-7 08:35

喵星大佬发表于 2021-9-7 06:35
一亿原子只有疯狂的岛国人干了这么疯狂的事，还跑的是20us这种

一般的单节点计算的话，以生物分子为例， ...

好的，谢谢，谢谢

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