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标题: 求助：材料弯曲操作 [打印本页]

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-9-7 09:23
标题: 求助：材料弯曲操作
老师您好，想向您请教一个弯曲的操作，我模拟的是一个块状PVDF（模型图片已上传），对于这样的一个块状体系，我想得到的弯曲效果我已经上传，这个三点式弯曲是用gromacs实现的。
为了达到视频中展示的这种三点式弯曲，我尝试模拟的思路是这样的，在模型最左端和最右端各冻结4排原子，然后在中间部分选择4排原子，施加加速度（等价于给这部分原子添加力），从而达到一个弯曲的效果，我用make_ndx建立三个索引组，两个冻结组，一个加速组，mdp文件（具体文件我已经上传）参数是这样设置的：
pbc                   = xy    ; 3-D PBC
ewald-geometry  = 3dc
nwall          = 2
wall-atomtype = MW MW
wall-type    = 12-6
; Velocity generation
gen_vel                = no       ; Velocity generation is off
; suoyingzu
freezegrps = left right
freezedim = Y Y Y Y Y Y

acc-grps = accmid
accelerate = 0.0 0.0 0.8
但是运行1000000步之后体系并没有弯曲，冻结处原子保持不动，加速组原子并没有使得材料弯曲，请问老师是我给的加速度太小了还是我的操作思路是错误的呢？麻烦老师可以给我讲一下弯曲的操作，谢谢老师。
注：我在论文里看到过一个纤维素的弯曲，也是用gromacs做的，我将论文解释和效果图片均上传，再次麻烦老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-8 03:40
加速度太小

我搞不懂你设wall是什么目的

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-9-8 09:09

sobereva 发表于 2021-9-8 03:40
加速度太小

我搞不懂你设wall是什么目的

好的，谢谢老师，我设置wall是因为我用的周期性边界条件，pbc=xy，我如果不设置wall的话程序运行就会报错，所以我就设置了。老师还有就是我在模拟弯曲的时候用了命令：gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md.tpr，也就是使用了posre.itp进行位置限制，这对弯曲有影响吗老师？麻烦老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-8 23:45

1971806673 发表于 2021-9-8 09:09
好的，谢谢老师，我设置wall是因为我用的周期性边界条件，pbc=xy，我如果不设置wall的话程序运行就会报错 ...

如果位置限制文件里的设置当前处于生效状态，而且限制的是所有原子，显然无论加多大的力都不可能弯曲

另外你的盒子看起来好像离体系上下两侧很近，你必须留出足够多的真空区才行。有足够真空区的时候根本没必要用wall

还有就是XY方向不应当freeze，要不然如果中间往下拉的时候不允许两侧的原子往中间缩，加极大的力都不太可能令其弯折

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-9-9 09:28

sobereva 发表于 2021-9-8 23:45
如果位置限制文件里的设置当前处于生效状态，而且限制的是所有原子，显然无论加多大的力都不可能弯曲

...

谢谢您老师，非常感谢您的帮助。

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