计算化学公社

标题: 求助：大体系GEO_OPT计算在离子步优化时卡住 [打印本页]

作者
Author: learnerNONE 时间: 2021-9-7 13:23
标题: 求助：大体系GEO_OPT计算在离子步优化时卡住
各位老师，我在使用CP2K的时候遇到了一个麻烦，运算的时候总是在统计完轨道数目之后卡住：
...
23 Broy./Diag. 0.40E+00 18.7    0.00000929    -7364.3370684256 -2.76E-05
24 Broy./Diag. 0.40E+00 18.6    0.00001709    -7364.3370001365  6.83E-05
25 Broy./Diag. 0.40E+00 18.7    0.00001373    -7364.3371457464 -1.46E-04
26 Broy./Diag. 0.40E+00 18.6    0.00000373    -7364.3370566668  8.91E-05
27 Broy./Diag. 0.40E+00 18.7    0.00000577    -7364.3370602390 -3.57E-06
28 Broy./Diag. 0.40E+00 18.7    0.00001275    -7364.3370551043  5.13E-06
29 Broy./Diag. 0.40E+00 18.6    0.00001017    -7364.3370870404 -3.19E-05
30 Broy./Diag. 0.40E+00 18.7    0.00000545    -7364.3370522288  3.48E-05
31 Broy./Diag. 0.40E+00 18.7    0.00000526    -7364.3370573467 -5.12E-06
32 Broy./Diag. 0.40E+00 18.7    0.00000274    -7364.3370643006 -6.95E-06

  *** SCF run converged in 32 steps ***

  Electronic density on regular grids:    -4291.9999997004       0.0000002996
  Core density on regular grids:          4291.9999992323    -0.0000007677
  Total charge density on r-space grids:    -0.0000004681
  Total charge density g-space grids:       -0.0000004681

  Overlap energy of the core charge distribution:             0.00003555910903
  Self energy of the core charge distribution:          -17770.08723819532315
  Core Hamiltonian energy:                                  4792.17869902068560
  Hartree energy:                                           7414.66036926504421
  Exchange-correlation energy:                            -1801.08187247864089
  Electronic entropic energy:                               -0.00705748488678
  Fermi energy:                                              -0.04203994052404

  Total energy:                                           -7364.33706430062921

ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy (a.u.):          -7364.337042869787183

CELL| Volume [angstrom^3]:                                           46856.741
CELL| Vector a [angstrom]:    22.518    0.000    0.000 |a| =    22.518
CELL| Vector b [angstrom]:    -4.119 60.690    0.000 |b| =    60.830
CELL| Vector c [angstrom]:    -9.967    2.235 34.287 |c| =    35.776
CELL| Angle (b,c), alpha [degree]:                                     85.343
CELL| Angle (a,c), beta  [degree]:                                     106.177
CELL| Angle (a,b), gamma [degree]:                                     93.883
CELL| Numerically orthorhombic:                                           NO

Number of electrons:                                                    4292
Number of occupied orbitals:                                              2168
Number of molecular orbitals:                                           2196

Number of orbital functions:                                           11284
Number of independent orbital functions:                               11284
按理说下一步应该是输出 Extrapolation method: ASPC然后开始SCF计算，可是截至目前，计算已经卡了一夜未能继续进行。
更奇怪的是通过top命令显示一切正常运行，而PBS也没有终止程序。请问这里可能是出了什么问题呢？
我已将top部分显示及input文件（POSCAR-1.restart）和output文件（out，已卡住）上传，恳请各位老师帮我看看是哪里出了问题。
此外，最初的input是由sob老师的Multiwfn所生成，用同样方法生成的另一个类似体系的输入文件算了数百步也完全不卡，但这个体系不知道出了什么问题，只算4-5步就卡住了。
谢谢各位老师！

作者
Author: cj4566 时间: 2021-9-7 22:41
可能是版本bug，或者内存不够？建议换个版本试试

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-8 03:57
先尝试最新的CP2K 8.2

作者
Author: learnerNONE 时间: 2021-9-10 09:56
谢谢sob老师和cj4566老师的建议，不过我在安装cp2k8.2的时候又遇到了麻烦...

唉...我再另开一个安装的求助贴吧

作者
Author: bblovelp 时间: 2021-9-11 20:11
有没有固定原子？

作者
Author: learnerNONE 时间: 2021-9-12 11:31

bblovelp 发表于 2021-9-11 20:11
有没有固定原子？

没有固定原子，所有的都可以动

不过从网上其他信息来看，CP2K似乎对系统比较挑，经常卡住。。。

作者
Author: bblovelp 时间: 2021-9-13 23:03
之前做GEO_OPT优化时，固定了第一个原子，结果4个以下的核心能正常运行，4核以上出现和你类似的情况

作者
Author: SpongeBob 时间: 2021-9-23 22:42
我现在也遇到了这个问题，请问楼主有解决吗？我之前用的8.1版本会这样，安装8.2后也会这样

作者
Author: djjj148 时间: 2021-9-24 09:13
我之前也遇到过,cp2k8..2，换了一种编译方法就不卡住了。

作者
Author: nashihang777 时间: 2021-9-29 09:06
楼主解决没，我也是这个问题，不过我是卡在了某个optimization step开始时，kill了cp2k的进程后，再续算，还是那个问题过来几十个步就又卡在了optimization step处。

作者
Author: 丁越 时间: 2021-9-29 18:53

djjj148 发表于 2021-9-24 09:13
我之前也遇到过,cp2k8..2，换了一种编译方法就不卡住了。

大侠是怎么解决的？详细说说呗

作者
Author: djjj148 时间: 2021-9-30 22:32

丁越发表于 2021-9-29 18:53
大侠是怎么解决的？详细说说呗

cp2k-8.2编译
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=15641
(出处: 计算化学公社)

按照帖子的方法即可，后面我也折腾过其他toolchain的参数/gcc等，不是报错就是运行的速度差不多

作者
Author: ChemG 时间: 2021-10-8 12:44
http://bbs.keinsci.com/thread-25553-1-1.html 可以参考这个帖子，编译的时候不加elpa，可能能消除卡在第一个离子步的情况

作者
Author: ChemG 时间: 2021-10-8 12:53

SpongeBob 发表于 2021-9-23 22:42
我现在也遇到了这个问题，请问楼主有解决吗？我之前用的8.1版本会这样，安装8.2后也会这样

http://bbs.keinsci.com/thread-25553-1-1.html 编译的时候去掉elpa就好了，之前我也一直是第一个离子步卡住

作者
Author: SpongeBob 时间: 2021-10-9 21:02

ChemG 发表于 2021-10-8 12:53
http://bbs.keinsci.com/thread-25553-1-1.html 编译的时候去掉elpa就好了，之前我也一直是第一个离子步 ...

好的我试一下，谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)