计算化学公社

标题: 请问怎么在ms中设置虚原子？ [打印本页]

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-1-7 15:35
标题: 请问怎么在ms中设置虚原子？
找了半天，没找到虚原子的设置位置，请高手赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-7 16:15
help里的说法
Note that it is not currently possible to create dummy atoms other than by importing an .msi file or using the template libraries. Dummy atoms cannot be created via the Atom Sketcher.
可能你得效仿已经有dummy atom的msi文件，自己用文本编辑器编辑msi文件在里面手动添加

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-1-7 16:49

sobereva 发表于 2016-1-7 16:15
help里的说法
Note that it is not currently possible to create dummy atoms other than by importing a ...

我没有现成的虚原子文件，网上也没找到。
怎么编辑msi文件，是把help文件中的perl语句保存为MSI文件吗？
DummyAtoms filter
collection = source->DummyAtoms
object = source->DummyAtoms(<index>)
object = source->DummyAtom
Description
Filters a source object for the dummy atoms it contains or retrieves a particular dummy atom in it.

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-7 22:15

zyj19831206 发表于 2016-1-7 16:49
我没有现成的虚原子文件，网上也没找到。
怎么编辑msi文件，是把help文件中的perl语句保存为MSI文件吗？
...

help里应该会有msi的格式介绍，或者看看其它自带的msi的格式，依瓢画葫芦

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-1-9 21:33

sobereva 发表于 2016-1-7 22:15
help里应该会有msi的格式介绍，或者看看其它自带的msi的格式，依瓢画葫芦

哎，商业软件里都有这么多诀窍。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-1-23 12:55

sobereva 发表于 2016-1-7 22:15
help里应该会有msi的格式介绍，或者看看其它自带的msi的格式，依瓢画葫芦

昨天按照msi格式写了个文件，貌似输入MS后，composition那里是个?
# MSI CERIUS2 DataModel File Version 4 0
(1 Model
(2 Atom
   (A C ACL "7 N")
   (A D XYZ (34.55586134304 24.57505207379 13.72484279103))
   (A I Id 1)
)
(3 Atom
   (A C ACL "7 N")
   (A D XYZ (33.37873328479 23.79621144677 13.27967218586))
   (A I Id 2)
)
(4 Atom
   (A C ACL "7 X")
   (A D XYZ (34 24 13.5))
   (A I Id 3)
   (A C Label Dummy Atom)
)
(4 Bond
   (A O Atom1 2)
   (A O Atom2 3)
   (A I Type 4)
)
)

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-1-31 23:44

zyj19831206 发表于 2016-1-23 12:55
昨天按照msi格式写了个文件，貌似输入MS后，composition那里是个?
# MSI CERIUS2 DataModel File Versio ...

这个问题还是没有解决，希望高手看一下。。

作者
Author: mrvita 时间: 2022-3-5 20:36
您好，请问ms氮气模型设置虚原子的问题您解决了吗？

作者
Author: zaqxs234 时间: 2022-3-7 13:29
在MS自带文件里就有很多自带虚原子的分子啊，Sketch fragment -Ligands-Benzene 就带有虚原子

作者
Author: kaier 时间: 2023-3-30 11:17

zaqxs234 发表于 2022-3-7 13:29
在MS自带文件里就有很多自带虚原子的分子啊，Sketch fragment -Ligands-Benzene 就带有虚原子

您知道虚原子力场怎么选吗

作者
Author: kaier 时间: 2023-3-31 00:20

sobereva 发表于 2016-1-7 22:15
help里应该会有msi的格式介绍，或者看看其它自带的msi的格式，依瓢画葫芦

sob老师，虚原子做gcmc过程中力场如何进行分配

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