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标题: Castep优化晶体结构时，服务器并行效率很低（<15%），该如何解决？ [打印本页]

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Author: 昆明十一 时间: 2021-9-8 22:53
标题: Castep优化晶体结构时，服务器并行效率很低（<15%），该如何解决？
本帖最后由昆明十一于 2021-9-8 23:07 编辑

问题：本人采用CASTEP模块+GGA+PBE泛函+勾选自旋极化；几何优化一个对称性较高的，30个原子的初胞，用时4小时多一点（图1）；而另一个对称性不高的34个原子的初胞则用时53小时（图2），查看计算文本显示并行的效率很糟糕，图1仅9%，图2仅14%。请教论坛大佬，这是有哪些原因会导致这样的问题出现？然后有没有解决办法呢？

图1
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

图2
(, 下载次数 Times of downloads: 34)

现阶段本人刚入门DFT计算，运用的软件为MS2017R2的CASTEP，操作系统为centOS 6.7，计算服务器为老的AMD皓龙平台，CPU2.0Ghz，单节点4CPU*16=64核心64线程，内存128GB；两个物理节点共计128核心。我个人猜想会不会是两个物理节点合而为一导致互相通信或数据分发导致的并行效率降低？？？

作者
Author: wsz 时间: 2021-9-8 23:10
内存通道，两个节点间连接的网络都会影响，另外30多个原子的话没必要跨节点并行。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-9-9 00:05

wsz 发表于 2021-9-8 23:10
内存通道，两个节点间连接的网络都会影响，另外30多个原子的话没必要跨节点并行。

我个人猜想会不会是两个物理节点合而为一导致互相通信或数据分发导致的并行效率降低？？？

和通信有关，我不确定你使用何种交换机。也和你的G相关，如果k、G都正比于核心数的情况效率应该还行，G要调整的话修改下动能截断。

作者
Author: hit_liaols 时间: 2021-9-9 18:42
调整K POINT和使用的线程，使k点能被线程树整除，也就是适用k point的并行方式，看你那个里面的2个k point的线程的效率有90%

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