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标题: xtb优化周期性的结构出现异常错误 [打印本页]

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-9-9 11:18
标题: xtb优化周期性的结构出现异常错误
本帖最后由 CYQ@ 于 2021-9-10 15:14 编辑

各位老师，我想请教一下，我使用xtb的GFN0、1、2方法优化一个周期性的结构，体系只有一百左右的原子，但是都报错了，使用GFN-FF方法也报错；而且就算我把结构外围一圈原子冻结也还是优化不了，直接异常退出。报错信息如图，这是我的结构不合理所致，还是只是结构复杂无法收敛导致的。

作者
Author: wsz 时间: 2021-9-9 13:33
大概率是初始结构不合理，而且xtb应该只有gfn0直接支持周期性体系吧。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-9 15:44
|grad|>500，这么大字不认识吗？
下次问问题之前先尝试理解错误信息

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-9 19:50
xtb的周期性计算只能算是experimental的程度
用CP2K做GFN1-xTB周期性计算稳得多，Multiwfn还能直接产生相应的输入文件，极为简单
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
http://sobereva.com/586（http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html）

而且你连个结构截图都不给，盲猜回答可难了

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-9-10 15:17

sobereva 发表于 2021-9-9 19:50
xtb的周期性计算只能算是experimental的程度
用CP2K做GFN1-xTB周期性计算稳得多，Multiwfn还能直接产生相 ...

sob老师，我优化的结构是Ti3C2的晶体，下载完单体结构后使用C++编程构建的（4*4）晶体，结构截图和结构文件我重新上传了

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-9-10 15:21

wsz 发表于 2021-9-9 13:33
大概率是初始结构不合理，而且xtb应该只有gfn0直接支持周期性体系吧。

我使用GFNFF是可以优化的，但是使用GFN0、1、2优化不了，周期性结构如果我冻结住外围一层不饱和的原子应该可以跑的，之前金簇模型也是冻结外围原子跑的

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-9-10 15:23

wzkchem5 发表于 2021-9-9 15:44
|grad|>500，这么大字不认识吗？
下次问问题之前先尝试理解错误信息

我在想也许是xtb自身的限制导致无法优化这种结构体系

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-10 16:15

CYQ@ 发表于 2021-9-10 08:23
我在想也许是xtb自身的限制导致无法优化这种结构体系

梯度太大，说明初始结构不合理，应该检查初始结构是否有原子距离太近等情况。如果你冻结外层原子可以跑，就说明是外层原子有不合理的结构。
GFN-FF可以优化是因为分子力场对梯度比半经验方法更不敏感，所以同样的梯度下程序可能仍然可以跑，又或者GFN-FF对于这个体系的梯度恰好小一些，小于了500的限制
还是那句话，先尝试理解错误信息再问问题，不然相当于你认为你的时间比我们的时间还贵好几倍，宁可我们费时间打字，你也没时间思考。别看到grad不认识然后就瞎猜，先去谷歌搜索grad是什么意思，然后你就懂了，因为绝对值、大于号你不可能不认识。

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-9-11 10:02

wzkchem5 发表于 2021-9-10 16:15
梯度太大，说明初始结构不合理，应该检查初始结构是否有原子距离太近等情况。如果你冻结外层原子可以跑， ...

谢谢老师指点

作者
Author: 乘风万里 时间: 2021-9-11 18:11
xTB算周期性的代码有很多问题，作者最近也打算改善，目前最好是不要用它。详见Github的issue https://github.com/grimme-lab/xtb/issues/491

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