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标题: 求助使用gaussian绘制homo轨道的问题 [打印本页]

作者
Author: 九只獬豸羊 时间: 2021-9-11 10:01
标题: 求助使用gaussian绘制homo轨道的问题
在使用gaussian view绘制homo轨道的时候，显示了两个轨道。这样正常吗？而且分子比较大的还会cube生成失败。用简单的乙烷分子试了下，轨道就很正常。 (, 下载次数 Times of downloads: 24) (, 下载次数 Times of downloads: 19) (, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-9-11 10:12
（1）你这看上是在计算碱基片段，一般碱基片段大家都是研究单重态，而整体的电荷取决于用户补多少个氢。你大概率是构建错了几何结构，有些位置多氢、少氢没注意看。在未补氢前，所有的负电荷应该均集中在磷酸根负离子上，补一个氢的话整体电荷就+1.对于生物体系，要结合生物化学知识判断结构是否合理，结果错了，后续算上天去也没用。
（2）“分子比较大的还会cube生成失败”->内存不足，或者说指定的内存不足。可以换个软件看轨道，就没这些问题了；坚持用GaussView也行，需要在linux下先产生cube文件，然后在本地用GaussView打开cube文件观看。在（1）没解决前，请不要关注（2）。

作者
Author: 九只獬豸羊 时间: 2021-9-11 10:41

zjxitcc 发表于 2021-9-11 10:12
（1）你这看上是在计算碱基片段，一般碱基片段大家都是研究单重态，而整体的电荷取决于用户补多少个氢。你 ...

谢谢解答，但是在输入文件中，我整体负电荷数就是磷酸根的数目，应该没得问题吧。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-9-11 10:48

九只獬豸羊发表于 2021-9-11 10:41
谢谢解答，但是在输入文件中，我整体负电荷数就是磷酸根的数目，应该没得问题吧。

肯定是不对的（除非你算的是光/金属参与的反应，默认DNA上一个电子被打出去/转移到金属上），没多少原子，自己检查几遍就看出来了。

作者
Author: fatpig 时间: 2021-9-11 12:47
你让卢老师的 Multiwfn 情何以堪...

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 05:49
甭用gview就完了，用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完全免费
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频演示）
http://sobereva.com/447（http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html）
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
http://sobereva.com/449（http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html）

好好把GaussView拼对，这里强调了
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“使用gaussian绘制homo轨道”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

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