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标题: 求助：有机小分子在金属表面吸附能否使用PR压浴 [打印本页]

作者
Author: ocbrother 时间: 2021-9-11 11:28
标题: 求助：有机小分子在金属表面吸附能否使用PR压浴
本帖最后由 ocbrother 于 2021-9-12 14:37 编辑

各位老师好，我在产生相阶段使用了能产生正确系综分布的 PR压浴控制压力。但是盒子MD跑完之后盒子已经不是长方体了。在书上看到PR压浴适合用来研究固体晶格转变之类的问题。
请问，我所研究的有机小分子在金属表面吸附能用PR压浴吗，感觉盒子变形容易让审稿人有疑惑。体系：液相下有机小分子在Fe表面吸附；
软件和参数：MS, 压浴先用Berendsen 然后接着用PR，PR参数设置为 1.0ps。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 05:52
别光放个盒子图，把完整的具体体系体现出来，否则别人只能猜着回答
用的具体什么程序，控压部分怎么设的，这些对于解决问题的关键细节不要隐藏

作者
Author: ocbrother 时间: 2021-9-12 14:38

sobereva 发表于 2021-9-12 05:52
别光放个盒子图，把完整的具体体系体现出来，否则别人只能猜着回答
用的具体什么程序，控压部分怎么设的， ...

好的，sob 老师。图片已经更新。体系：液相下有机小分子在Fe表面吸附；
软件和参数：MS, 压浴先用Berendsen 然后接着用PR，PR参数设置为 1.0ps。
请老师帮忙看看

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 23:58
我对M$的情况不很清楚。不过一般来说变成非长方形并没有什么问题，毕竟还是满足周期性的，而且仍然可以自行再把盒子重新定义成长方形的。
如果Berendsen压浴没这个现象，一直用Berendsen就可以，PR压浴在实际上并没有什么明显好处。

作者
Author: ocbrother 时间: 2021-9-13 09:38

sobereva 发表于 2021-9-12 23:58
我对M$的情况不很清楚。不过一般来说变成非长方形并没有什么问题，毕竟还是满足周期性的，而且仍然可以自行 ...

好的。感谢sob老师，我去一直用Berendsen试试看

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