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标题: 求助模拟PVDF的弯曲过程，不同部分弯曲程度不一样 [打印本页]

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-9-11 14:29
标题: 求助模拟PVDF的弯曲过程，不同部分弯曲程度不一样
老师您好，我模拟了PVDF的弯曲过程，大致过程是这样的，我先进行了能量最小化，然后进行了400ps的nvt弛豫，然后是400ps的npt弛豫，弛豫过程结束后，我把npt.gro分成3份，x<=10.60624部分为冻结组（三个方向都冻结），10.60624<x<21为也是冻结组（冻结y方向），x>=21为加速组，将三个索引组写入mdp文件; suoyingzu
freezegrps = left mid
freezedim = Y Y Y N Y N
acc-grps = right
accelerate = 0.0 0.0 0.08

开始模拟，结果md.gro是这个样子的（已上传），弯曲部分的弯曲程度不均匀，请问老师这是什么情况啊？麻烦老师可以看一下。
老师您看一下，当我把体系只分为两部分的时候，left冻结，right加速，模拟结束之后的模型就是均匀弯曲的了，只不过是弯曲部分没有弧度。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 05:43
不是必要的冻结都不要施加
10.60624<x<21部分没必要冻结
你的情况实际上只需要把体系最左侧的一个薄片冻结住就够了

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-9-12 11:20
本帖最后由 1971806673 于 2021-9-12 15:28 编辑

谢谢您老师，按照您说的方法我做了弯曲发生了均匀应变，弯曲程度都一样（见图：弯曲-y方向视图），但是我从z方向去观察模型的时候（见图：弯曲-z方向视图），发现模型最底层的链与链由于受到力的挤压距离增大，使得上一层的一条链压了下来，使得模型看起来有点乱，我想请教老师，造成这个问题的原因是什么？是由于我在构建初始PVDF模型的时候链与链之间的空间距离有点远的问题吗？在建初始PVDF模型的时候，我把链与链之间的空间距离设置了5A，通过npt弛豫之后，我的体系密度大约是1.2g/cm3，但是我在一篇论文中看到作者的PVDF体系密度是2.039g/cm3，麻烦老师了。

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