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标题: 考察两个小分子之间是否能形成分子间氢键的问题 [打印本页]

作者
Author: CCmaters 时间: 2021-9-11 15:45
标题: 考察两个小分子之间是否能形成分子间氢键的问题
请教社长和论坛上的各位一个方法论上的问题：
想考察两个小分子之间是否能形成分子间氢键，由于结构上的特征不是太明显，不方便像经典体系（例如H2O）那样直接地判断出Donor与Accpetor的相对位置。

有两个方案备选：

① 直接在Gaussian View里摆出可能的结构，接着做opt

② 做二聚体构象搜索，以能量最低构象作为初始文件，做opt

还望有看法的各位赐教！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-11 23:04
如果只是证明“能生成”，而且恰好你研究的体系都能生成氢键，那么第一种就够了。如果要证明不能生成，或者要说明最稳定的形成氢键的方式是哪种，那么应该用第二种

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 06:02
注意正确拼写GaussView

通常情况一看结构，根据弱相互作用常识和经验就能判断是否可能形成氢键。
实在不好说的情况（比方说某个原子团簇，可能有的地方电子比较富集，可以作为氢键受体，但光看团簇结构没法估计出这一点），可以按下文绘制表面静电势图看一下哪里可能是氢键受体
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
至于哪些氢可以形成氢键，既可以看表面静电势图，也可以算一下原子电荷，氢的原子电荷越正越可能形成氢键，且形成的氢键可能越强

上面是基于单体特征进行简易判断，如果想进一步证实，就需要优化实际二聚体结构并且做振动分析，确保能得到无虚频的含氢键的结构。对于初始结构，简单情况直接在GaussView里手动摆出可能的氢键复合物构型即可，复杂的情况（不好考虑周全、不知道怎么摆合适等）用genmer+molclus做构型搜索即可：
Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

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