计算化学公社

标题: .xyz的坐标文件如何转化为MS可识别的文件呢？（.pdb格式？） [打印本页]

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Author: 小毛驴起飞 时间: 2021-9-11 19:04
标题: .xyz的坐标文件如何转化为MS可识别的文件呢？（.pdb格式？）
各位老师，想问一下lammps输出的.xyz的坐标文件如何转化为MS可识别的文件呢？（.pdb格式？）网上看了很多回答，有直接回答用VMD的，但是新手还不怎么会用可视化软件，可否告知具体的命令和过程，或者用vesta？或者其他方法，可否指点一下具体过程~谢谢耐心指点！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-9-11 19:09
如果xyz格式标准的话，ase可以，甚至直接转成xsd（虽然核心的数据在伴随产生的car文件中）。
ase convert xxx.xyz xxx.xsd
即可。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-9-11 19:18
lammps的xyz不是标准的吧我记得，它坐标部分第一列是原子类型编号，你得自己写脚本对应到具体元素才行。

作者
Author: 牧生 时间: 2021-9-11 20:16
试试 openbable

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 05:37
xyz拖进VMD main窗口，在上面点右键选save coordinate，之后选择保存pdb就完事了

作者
Author: 小毛驴起飞 时间: 2021-9-12 14:44

sobereva 发表于 2021-9-12 05:37
xyz拖进VMD main窗口，在上面点右键选save coordinate，之后选择保存pdb就完事了

试了下保存的pdb文件只有1kB大小，里面内容只有两行是这样的：
REMARK original generated coordinate pdb file
END
是我的xyz文件的问题吗？xyz有这些：
ITEM: TIMESTEP
130000
ITEM: NUMBER OF ATOMS
5846
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
0 38.9209
-0 38.9209
0 38.9209
ITEM: ATOMS id type x y z vx vy vz

如果不规范的话，想问一下需要输出哪一些呢？谢谢解答~

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 23:30

小毛驴起飞发表于 2021-9-12 14:44
试了下保存的pdb文件只有1kB大小，里面内容只有两行是这样的：
REMARK original generated coordinate p ...

我对lammps输出的xyz是什么形式不清楚。最好把xyz压缩后上传

作者
Author: zhangsanfeng@sw 时间: 2023-4-1 09:57

sobereva 发表于 2021-9-12 05:37
xyz拖进VMD main窗口，在上面点右键选save coordinate，之后选择保存pdb就完事了

生成的pdb文件在MS中打开是一个txt文件，只能看到各种原子的信息，无法实现可视化。请问一下，还需要怎么转换才能变成MS 的可视化的结构文件。By the way，MS真的垃圾，其他软件的好多资源不能与之共享。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-2 04:42

zhangsanfeng@sw 发表于 2023-4-1 09:57
生成的pdb文件在MS中打开是一个txt文件，只能看到各种原子的信息，无法实现可视化。请问一下，还需要怎么 ...

只要pdb格式是规范的，没理由M$没法可视化。如果一个程序保存出来的pdb在M$里确实没法显示成结构图，换其它程序保存pdb再试。

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