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标题: 求助算太赫兹光谱的团簇模型的构建 [打印本页]

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-13 14:45
标题: 求助算太赫兹光谱的团簇模型的构建
大家好，
我是做太赫兹光谱方向的，因为最近要做一些计算，我知道VASP可以算太赫兹光谱，但是想用Gaussian算一下，因为Gaussian不适合做周期性体系，所以我看文章上有用单分子模型（当然这种模型没法考虑分子间作用），有用团簇模型的，请问大家一下，如果用团簇模型的话建模怎么去建（目前晶体结构是已经有了），是不是需要考虑色散校正，当然，大家如果有不用团簇模型的方法也可以推荐一下，自己是这方面的小白。希望大家可以解答的详细些。谢谢大家。

作者
Author: Aridea 时间: 2021-9-13 17:07
直接删删减减，表面悬挂键看要不要加H处理，去掉周期边界就是团簇吧，没那么复杂

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-13 17:20

Aridea 发表于 2021-9-13 17:07
直接删删减减，表面悬挂键看要不要加H处理，去掉周期边界就是团簇吧，没那么复杂

感谢您的解答，您的意思是把晶体结构扩胞之后然后删除多余的原子，然后留下自己需要的几个分子构成团簇吗？

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-13 20:20
请问一下，我这样建立团簇模型来跑太赫兹光谱可行吗？先把晶体扩胞，然后把多于原子剪掉，剩下了4个分子来作为团簇（分子是L-抗坏血酸），基组用的6-311G+（d，p），加了D3校正

作者
Author: Aridea 时间: 2021-9-13 20:38
模型到计算参数合理性这个我不清楚，等社长或者其他大佬吧

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-14 02:53
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“团簇模型的构建”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-14 02:55

wangy0822 发表于 2021-9-13 20:20
请问一下，我这样建立团簇模型来跑太赫兹光谱可行吗？先把晶体扩胞，然后把多于原子剪掉，剩下了4个分子来 ...

可以。但周围分子最好用ONIOM或QM/MM结合分子力场和拟合静电势电荷表现并且冻结住，要不然团簇优化完了可能直接就变形了
基组名没写对。弥散函数不是必需的
说清楚用什么泛函，别就光说个D3

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-14 08:50

sobereva 发表于 2021-9-14 02:53
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的好的，下次注意，不好意思

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-14 08:55

sobereva 发表于 2021-9-14 02:55
可以。但周围分子最好用ONIOM或QM/MM结合分子力场和拟合静电势电荷表现并且冻结住，要不然团簇优化完了可 ...

Sob老师，我是用的B3LYP-D3；按照您的意思是把弥散函数去掉，用6-311G（d,p）基组对吗

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-14 09:10

sobereva 发表于 2021-9-14 02:55
可以。但周围分子最好用ONIOM或QM/MM结合分子力场和拟合静电势电荷表现并且冻结住，要不然团簇优化完了可 ...

Sob老师，您的意思是保留一个分子在优化时在动，剩余分子都固定住吗？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2021-9-14 09:37
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html）

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-14 09:54

冰释之川发表于 2021-9-14 09:37
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-2 ...

好的，谢谢

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-9-14 10:29
cp2k不能算太赫兹吗

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-14 10:48

tjuptz 发表于 2021-9-14 10:29
cp2k不能算太赫兹吗

我只知道VASP和MS中的CASTEP可以算,别的不知道。但是我目前就是想用Gaussian算

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-15 01:27

tjuptz 发表于 2021-9-14 10:29
cp2k不能算太赫兹吗

CP2K可以算

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-9-15 16:32

sobereva 发表于 2021-9-15 01:27
CP2K可以算

谢谢社长告知

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