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标题: g_mmpbsa和gmx_MMPBSA得到的结果有出入 [打印本页]

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Author: 蓝沐轩_lemshine 时间: 2021-9-13 15:29
标题: g_mmpbsa和gmx_MMPBSA得到的结果有出入
谢谢sob老师推荐gmx_MMPBSA,上篇帖子的报错解决了，我分别用两种方法算了结合自由能，g_mmpbsa和gmx_MMPBSA，得到的结果有出入，特来请教一下sob老师及各位老师同学
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这是用gmx_MMPBSA算出来的结果，gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa1.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 15 -ct md_noPBC_80_100.xtc -cp com_sol_GMX.top
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这是g_mmpbsa算出来的结果，g_mmpbsa -f ../md_noPBC_80_100.xtc -s ../md.tpr -n ../index.ndx -i ../pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp -dt 500

作者
Author: 抠脚蔡鸡 时间: 2021-11-20 19:05
请问楼主，这个gmx_MMPBSA算的结合能是否考虑熵呢

作者
Author: 蓝沐轩_lemshine 时间: 2021-11-29 10:26

抠脚蔡鸡发表于 2021-11-20 19:05
请问楼主，这个gmx_MMPBSA算的结合能是否考虑熵呢

g_mmpbsa和gmx_MMPBSA均未考虑熵效应

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-30 10:39
熵效应不是在SA里面么？

作者
Author: 蓝沐轩_lemshine 时间: 2021-12-2 09:48

喵星大佬发表于 2021-11-30 10:39
熵效应不是在SA里面么？

为什么这么说呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-3 07:47

蓝沐轩_lemshine 发表于 2021-11-29 10:26
g_mmpbsa和gmx_MMPBSA均未考虑熵效应

溶剂的熵效应体现在溶剂模型的非极性部分里，对于PBSA来说在SA里

溶质间结合的熵效应在gmx_MMPBSA里也可以通过不同方式考虑，看gmx_mmpbsa在JCTC上的介绍文章
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作者
Author: lyjc19961209 时间: 2022-2-7 09:34
楼主，是否可以求一份pbsa.mdp文件内容

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