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标题: oniom计算中S值测试，差值很大，应怎么解决 [打印本页]

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Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-9 10:19
标题: oniom计算中S值测试，差值很大，应怎么解决
先用oniom计算过渡态，然后计算前期络合物，对前期络合物进行的s-value，S值测试的差值大，是不是说明我分区不合理？是否还反映了选用的方法不合理，附件是我的输入文件和输出文件，S值测试中计算的能量和oniom计算中的能量不一样，是怎么回事？ONIOM: extrapolated energy = -8706.303655442935 diff= -5675.464934769083

ONIOM: extrapolated energy = -8706.303655441618

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Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-9 10:20
求大神指导，谢谢

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Author: sobereva 时间: 2016-1-9 21:15
对单个体系做S值测试没有什么意义，不用管它

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Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-11 09:18

sobereva 发表于 2016-1-9 21:15
对单个体系做S值测试没有什么意义，不用管它

通过比较两个类似体系的S值的差值大小，来判断oniom是否适用于这类体系，这样理解对吗？老师

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-11 11:42

sobereva 发表于 2016-1-9 21:15
对单个体系做S值测试没有什么意义，不用管它

sob老师，是不是通过用低水平的方法计算反应物（附件1）和生成物（附件2）的△S=S1-S2来判断MM区域划分的准确性，用高水平方法（附件3）和低水平方法分别进行oniom计算得到的△S=S3-S1来判断oniom方法是否适应该体系，我这样理解对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-11 20:55

那年·时光飞发表于 2016-1-11 11:42
sob老师，是不是通过用低水平的方法计算反应物（附件1）和生成物（附件2）的△S=S1-S2来判断MM区域划分的 ...

不是这么弄的。low和high级别都设成一样了，这样毫无意义。
对于两层ONIOM，S-value是特定级别下（high或low级别），整体(real)和高级别方法描述的model区域的能量差，即没有被归入model部分的区域的能量。如果划分合理，反应前后S值的变化应当较小，说明感兴趣的原子都在model区域，而其它部分的原子没怎么参与化学过程，此时用低水平描述不会带来明显误差。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-11 21:09
老师，是用oniom(b3pw91/6-31g(d,p):b3pw91/6-31g(d,p))=SValue 计算的S值与oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=SValue 计算的S值相比吗？这个差值小于多少说明合理，有确定的值吗？

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-11 21:18

sobereva 发表于 2016-1-11 20:55
不是这么弄的。low和high级别都设成一样了，这样毫无意义。
对于两层ONIOM，S-value是特定级别下（hig ...

sob老师，附件中是我的输入文件，是用△S=S1-S2吗？鄙人小白，求老师指点

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-12 00:28

那年·时光飞发表于 2016-1-11 21:18
sob老师，附件中是我的输入文件，是用△S=S1-S2吗？鄙人小白，求老师指点

你应当用oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=SValue分别计算反应前和反应后的结构，然后看S值的变化(△S)。
每个结构下b3pw91/6-31g(d,p)和UFF各有一个Svalue，所以你会分别得到b3pw91/6-31g(d,p)和UFF下的△S。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-12 10:58

sobereva 发表于 2016-1-12 00:28
你应当用oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=SValue分别计算反应前和反应后的结构，然后看S值的变化(△S)。
...

老师，附件中是的前期络合物和后期络合物的输出文件，对应的△S（high）=-5675.321484-（-5675.374188），△S（low）=0.094459-0.090747，是这样的吗？△S有没有一个界定的范围？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-12 21:35

那年·时光飞发表于 2016-1-12 10:58
老师，附件中是的前期络合物和后期络合物的输出文件，对应的△S（high）=-5675.321484-（-56 ...

是
没有明确界定范围

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Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-13 09:15
谢谢老师的帮助，SValue有两方面的作用：验证区域划分的可靠性和验证oniom的适用性，用这种方法是同时达到了这两个目的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-13 17:48

那年·时光飞发表于 2016-1-13 09:15
谢谢老师的帮助，SValue有两方面的作用：验证区域划分的可靠性和验证oniom的适用性，用这种方法是同时达到 ...

一码事。划分合理ONIOM就适用，ONIOM适用的前提是能有可靠的划分方式

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-13 20:44

sobereva 发表于 2016-1-13 17:48
一码事。划分合理ONIOM就适用，ONIOM适用的前提是能有可靠的划分方式

理解了多谢老师指点

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Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-18 15:50
本帖最后由那年·时光飞于 2016-1-19 08:47 编辑

@sobereva  老师，您好，今天突然间想起oniom中S-value计算出来的△S单位是HF，换算成kcal/mol之后，差值还是挺大的，附件是前期络合物和后期络合物的S-value计算的输出文件，统计出来的能量是这样的：
                                                         high                low
Svalue-oniom-ts1-3e-2-for-cp       -5675.374188       0.090747
Svalue-oniom-ts1-3e-2-rev-cp    -5675.321484       0.094459
△S                                                 0.052704          0.003712
△S*627.51                               33.07228704          2.32931712
High水平的△S较大，说明我分层不合理吗？我应该怎样解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-19 01:24

那年·时光飞发表于 2016-1-18 15:50
@sobereva 老师，您好，今天突然间想起oniom中S-value计算出来的△S单位是HF，换算成kcal/mol之后，差值还 ...

甭用ONIOM就完了

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2016-1-19 08:50

sobereva 发表于 2016-1-19 01:24
甭用ONIOM就完了

我们现在在计算多个离子液体的时候，得用QM/MM计算，我计算的△S较大，是现在这个小体系不适用oniom方法计算吗？△S值在多少以内算是合理呢？

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