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标题: 求助利用Multiwfn拟合resp电荷时Gaussian的scrf关键词的使用 [打印本页]

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年年是陶大猫    时间: 2021-9-13 20:33
标题: 求助利用Multiwfn拟合resp电荷时Gaussian的scrf关键词的使用
各位老师,对蛋白质和配体进行分子动力学模拟,利用multiwfn拟合resp电荷。模拟环境是水,加四个钠离子中和体系。sob老师帖子中推荐的关键词是#opt b3lyp/6-311g** em=GD3BJ scrf=solvent=water,这个scrf是必须要加的吗,可不可以去掉?

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sobereva    时间: 2021-9-13 22:27
为什么不加?这又增加不了多少耗时
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年年是陶大猫    时间: 2021-9-13 23:02
sobereva 发表于 2021-9-13 22:27
为什么不加?这又增加不了多少耗时

谢谢老师的回复,请问这个scrf对结果影响会很大吗?
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sobereva    时间: 2021-9-14 03:10
年年是陶大猫 发表于 2021-9-13 23:02
谢谢老师的回复,请问这个scrf对结果影响会很大吗?

谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

关于溶剂模型对结构的影响值得特别说一下。对于绝大多数中性分子,而且局部也不显离子性的情况,是否考虑隐式溶剂模型对几何结构以及振动频率的影响很小,用不用溶剂模型优化出来的结构的差异肉眼上甚至都看不出来。但是对于局部带很显著电荷的情况,不考虑溶剂模型优化出的结构可能与实际溶剂环境下其结构相差甚远、结果定性错误。如果你不清楚结构优化(以及随后的振动分析)时该不该加隐式溶剂模型,建议你一律加上,反正耗时也就增加一点(对于普通泛函做DFT而言),还可以避免对某些体系得到定性错误结果的风险,也避免一些的审稿人的吐槽。对几何结构的影响基本上都是溶剂的极性部分所致,是否考虑非极性部分对结构优化和振动分析总是很小的。

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年年是陶大猫    时间: 2021-9-14 06:50
sobereva 发表于 2021-9-14 03:10
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327(http://bbs.keinsci.com/th ...

谢谢sob老师!




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